卻說張居正既握朝綱，一意尊主權，課吏治，立章奏，考成法，定內外官久任法。百司俱奉法守公，政體為之一肅。兩宮太後，同心委任，凡遇居正進謁，必呼先生，且雲皇上若有違慢，可入內陳明，當為指斥雲雲。於是居正日侍經筵，就是講解音義，亦必一一辨正，不使少誤。某日，神宗讀《論語·鄉黨篇》，至“色勃如也”句，“勃”字誤讀作“背”字，居正在旁厲聲道：“應作勃字讀。”神宗嚇了一跳，幾乎麵色如土。同列皆相顧失色，居正尚凜凜有怒容。後來奪官籍家之禍，即基於此。嗣是神宗見了居正，很是敬畏。居正除進講經書外，又呈入禦屏數幅，各施藻繪，凡天下各省州縣疆域，以及職官姓名，均用浮簽標貼，俾供乙覽。一日講筵已畢，神宗問居正道：“建文帝出亡，做了和尚，這事果的確否？”居正還奏道：“臣觀國史，未載此事，隻聞故老相傳，披緇雲遊，題詩田州寺壁上，約有數首，有‘流落江湖四十秋’七字，臣尚記得。或者果有此事，亦未可知。”神宗歎息數聲，複命居正錄詩以進。居正道：“這乃亡國遺詩，何足寓目！請錄皇陵石碑，及高皇帝禦製文集，隨時備覽，想見創業艱難，聖謨隆盛呢。”神宗稱善。至次日，居正即錄皇陵碑文呈覽。神宗覽畢，即語居正道：“朕覽碑文，讀至數過，不覺感傷欲泣了。”居正道：“祖宗當日艱難，至於如此。皇上能效法祖宗，方可長保大業哩。”乃申述太祖微時情狀，及即位後勤儉等事。神宗愴然道：“朕承祖宗大統，敢不黽勉，但也須仗先生輔導呢！”由是累有賞賜，不可勝記。最著的是銀章一方，鐫有帝賚忠良四字。又有禦書匾額兩方，一方是“永保天命”，一方是“弼予一人”。
居正以在閣辦事，隻有呂調陽一人，不勝煩劇，複引薦禮部尚書張四維。四維嚐饋問居正，四時不絕，所以居正一力薦舉。向例入閣諸臣，嚐雲同某人等辦事，至是直稱隨元輔居正等辦事。四維格外謙恭，對著居正，不敢自稱同僚，仿佛有上司屬吏的等級，平時毫無建白，隻隨著居正拜賜進宮罷了。卑屈至此，有何趣味。惟四維入閣後，禮部尚書的遺缺，就用了萬士和。士和初官庶吉士，因忤了嚴嵩，改為部曹，累任按察布政使，並著清節，及入任尚書，屢上條奏，居正頗嫉他多言。會擬越級贈朱希忠王爵，士和力持不可，給事中餘懋學，奏請政從寬大，被居正斥他諷謗，削籍為民。士和又上言懋學忠直，不應摧抑，自遏言路。種種忤居正意，遂令給事中朱南雍，奏劾士和，士和因謝病歸休。