卻說申時行上疏以後，尚書楊巍又請將丁此呂貶斥，頓時鬧動言官，統說時行與巍，蔽塞言路。禦史王植、江東之交章彈劾兩人，神宗為罷高啟愚，留丁此呂。於是申、楊兩大臣，抗疏求去。大學士餘有丁，上言殿閣大臣，關係國體，不應為一此呂，遂退申、楊。許國尤不勝憤懣，亦專疏乞休。神宗乃將此呂外調。王植、江東之始終不服，遂力推前掌院學士王錫爵，可任閣務。錫爵曾積忤居正，謝職家居。見七十三回。至是因台官交推，重複起用，晉授禮部尚書，兼文淵閣大學士。又因日講官王家屏，敷奏誠摯，由神宗特拔，命為吏部侍郎、兼東閣大學士。兩人相繼入閣，言官隻望錫爵得權，抵製時行，不防錫爵卻與時行和好，互為倚助，遂令全台禦史，大失所望。萬曆十四年正月，鄭妃生下一子，取名常洵，神宗即晉封鄭妃為貴妃。大學士申時行等，以皇長子常洛，年已五歲，生母恭妃，未聞加封，乃鄭妃甫生皇子，即晉封冊，顯見得鄭妃專寵，將來定有廢長立幼的事情，遂上疏請冊立東宮。時行初意，原是不錯。疏中有雲：
臣等聞早建太子，所以尊宗廟，重社稷也。自元子誕生，五年於茲矣，即今麟趾螽斯，方興未艾，正名定分，宜在於茲。祖宗朝立皇太子，英宗以二歲，孝宗以六歲，武宗以一歲，成憲具在。惟陛下以今春月吉，敕下禮部早建儲位，以慰億兆人之望，則不勝幸甚！
神宗覽疏畢，即援筆批答道：“元子嬰弱，少待二三年，冊立未遲。”批旨發下，戶科給事中薑應麟及吏部員外郎沈璟，複抗疏奏道：
竊聞禮貴別嫌，事當慎始。貴妃所生陛下第三子，神宗第二子常漵（xù），生一歲而殤。猶亞位中宮，恭妃誕育元嗣，翻令居下，揆之倫理則不順，質之人心則不安，傳之天下萬世則不正，請收回成命，先封恭妃為皇貴妃，而後及於鄭妃，則禮既不違，情亦不廢。陛下誠欲正名定分，別嫌明微，莫若俯從閣臣之請，冊立元嗣為東宮，以定天下之本，則臣民之望慰，宗社之慶具矣。