卻說諸清將殲滅滇藩，陸續班師，到了北京，聞尚之信、耿精忠，亦已逮到治罪。原來尚之信歸命後，清廷屢促出師，他隻逗留不進，及三桂已死，始從征廣西，駐軍宣武，會之信弟之孝，謀襲藩位，遣藩下人張士選赴京告密。清京遂遣侍郎宜昌阿等，馳往按問，當由都統王國棟出證罪狀。之信聞知，自廣西馳歸，襲殺國棟。宜昌阿便檄粵軍，擒歸之信，有旨賜死。之孝亦坐罪革職。尚藩完了。耿精忠亦為諸弟所劾，召至京師，交部議罪。大學士明珠首言精忠應加極刑，遂把精忠磔死。耿藩又了。惟孫延齡妻孔四貞，為太後義女，且勸夫反正，先至京師聲明，有旨實封郡主，祿贍終身。於是大赦天下，詔戶部發帑代償宿負，並減免用兵各省賦稅，特下一道明諭道：
當滇逆初變時，多謂撤藩所致，欲誅建議之人以謝過者。朕自少時，見三藩勢焰日熾，不可不撤，豈因三桂背叛，遂諉過於人？今大逆削平，瘡痍未複，其恤兵養民，與天下休息。
三藩已平，中國本部十八省，及關東三省，都屬大清版圖，真成了浩**乾坤，升平世界。獨有台灣鄭經，抗誌海外，偏不受清朝命令。海外田橫。先是精忠叛清時，與經同攻廣東，精忠歸閩降清，汀州、泉州、漳州等郡，皆為經所據。精忠與清親王傑書，合軍攻經，收複各郡。經退守廈門，嗣複令部將劉國軒等，分路入犯，攻陷海澄，圍攻漳泉。巡撫吳興祚與將軍賴塔，出兵泉州，總督姚啟聖與提督楊捷，出兵漳州，鄭軍始退。隻海澄仍為國軒所據，湖南水師萬正色，督率戰艦二百艘，由海赴閩，與興祚、啟聖等，水陸夾攻，遂複海澄，並奪回金、廈二島。鄭經及國軒，仍退據台灣。將軍賴塔意欲招撫鄭經，省得再來纏擾，遂著人致書鄭經道：