就在和朝廷討價還價的同時，王守仁開始重新整編軍隊，以二十五人為一伍，兩伍為一隊，四隊為一哨，兩哨為一營，三營為一陣，兩陣為一軍，實行逐級負責製，又重新設計兵符的形製與使用規範，以收整齊劃一、如臂使指之效。同時他奏請朝廷，在新近平定的地區置縣設防，以免將來賊勢複起。
如此規模的改製整編，從管理的角度看確實是很高明的手段。說它高明，倒不在於這個新的組織結構本身。
任何一個機構，隻要時間久了，內部關係都會盤根錯節，嚴重影響管理效率。一個銳意有為的新任管理者注定會麵臨這個問題，但解決起來麻煩很大，牽一發而動全局，尤其是崗位調動、職務升降之類的事情，總會伴隨著無邊的怨言和謠言。所以最有效的辦法莫過於全部洗牌，重新來過，如此則一切人事問題都自然變成“對事不對人”了。
再者，雖然俗話說“養兵千日，用兵一時”，但兵不是一般的難養。人之常情，很難長時間一直保持緊張狀態，機構也是如此，所以養兵不但耗時耗力，還往往越養便越渙散。我們看曆朝曆代“養兵千日”，越是承平日久，這一規律便體現得越是明顯。商鞅曾經懵懂地意識到這個問題，而提出的對策毫無道德操守：“國力一強就應該出去侵略。”（《商君書·去強》）儒家陣營裏的王夫之意識到養兵的弊端，認為用兵的關鍵就在於利用好以下三點：
1. 士兵短時間內凝聚起來的士氣。
2. 士兵對作戰習以為常的心態。
3. 打仗則有利可圖，不打仗則無利可圖的形勢。（《宋論》卷一）
我們看王守仁的做法完全暗合上述三點原則。
王守仁在前線積極備戰，王瓊則在後方積極為他免除一切後顧之憂。權力所在，總有人想要分一杯羹。既然王守仁有了提督軍務的權力，江西的鎮守太監畢真理所當然地提出監軍的要求。麵對這樣一個“合理要求”，王瓊提出了一個很中肯的反對意見：用兵最忌遙控；在南安、贛州一帶用兵，卻要事事去和遠在南昌的鎮守太監商議，這個仗就沒法打了；隻能說南昌有了危機時，南安、贛州可以派兵策應。