陳炯明見戰事接連失敗，十分懊喪，隻得退守博羅等處，同時向吳佩孚求救。吳佩孚雖然擁兵甚眾，無奈鞭長莫及，不能立刻派兵援助，隻得電令沈鴻英、方本仁、陸榮廷火速入粵。沈鴻英此時已有歸附孫中山、回桂攻陸的意思，不願接受吳佩孚的命令。方本仁的目光全在江西督軍一席上，早就想取蔡成勳而代之。蔡成勳像防賊一般防著方本仁。方本仁當然不願意離開江西，失去乘勢而起的機會。蔡成勳更不願接濟子彈餉械，為虎添翼。有了這兩種原因，方本仁自然不願聽從吳佩孚的命令入粵。陸榮廷在廣西不過占得一部分地方，實力有限，也無暇遠征。三路援軍，沒有一路成為陳炯明實際上的援助。另外，湖南的唐生智也曾接到吳佩孚的命令，助攻廣東。但唐生智是新派人物，本來就反對北軍，隻因時局緊急，自己實力還未充實，所以不曾有露骨的表示，現在叫他進攻廣東，自然辦不到。陳炯明見盼不到救軍，隻得用離間引誘的辦法，動員楊希閔、劉震寰所部的滇、桂軍停止進攻，或者幹脆背叛孫中山。這一招還頗有效力，由於孫中山此時正全力改組中國國民黨，所以不是十分注意東江戰事的進行。因此，戰事日趨沉寂。
民國十二年秋，高一涵在《努力周報》上發表了一篇文章，批評國民黨的成員太複雜，組織不適當，主張加以改組。孫中山先生見這個提議十分合理，便派汪精衛等人著手改組國民黨。在未改組之前，孫中山先在廣州召開了一次座談會，請黨員發表意見，並定於民國十三年一月二十日，召集第一次全國代表大會。大會代表由各省黨員選出三人，由總理指派三人，其餘如黨綱、黨章以及改組手續等一切都由大局決定。
開會的那一天，各省代表紛紛出席，議決修改黨章並製定了黨綱。這次改組最大的變化，就是容納共產黨和共產主義青年團加入國民黨。此舉卻遭到了老黨員如馮自由、謝英伯、劉成勳等人的極力反對，以致引起外麵“國民黨赤化”和“國民黨新舊派衝突”的謠言。孫中山因他們違背大會的決定，便是不守黨紀，特向中央執行委員會提出控告。馮自由等人不敢再堅持，隻得向中央執行委員會解釋自己不曾違反黨紀，事情便就此解決了。