原來朱燮元接到的是父親病逝的消息。他向來忠孝，看到這種噩耗禁不住號啕大哭起來。眾將士上前勸慰了很久，朱燮元這才停住眼淚，當即上疏要求辭官服喪。熹宗不得不準，特命偏沅巡撫閔夢得繼任。奢、安兩路叛賊打了敗仗，不得不暫時休養，雙方按兵不動。
官兵征戰西南的時候，山東有個叫徐鴻儒的妖人揭竿作亂。據說深州人王森曾經搭救過一隻妖狐，並將妖狐的斷尾收藏起來。時間久了，那狐尾竟散發出一股異香，王森便以此來煽動愚民，聚斂錢財，人稱聞香教，也叫白蓮教。王森自稱教主，他收集黨徒，分封大小頭目，勢力蔓延各省。後來，王森被官府拘押，下獄處死，留下了百萬家資供兒子王好賢享受。王好賢散盡家財，結交門客，與武邑人於弘誌、巨野人徐鴻儒勾通往來，準備叛亂。三人約好在天啟二年八月十五日共同起兵。可事有不巧，徐鴻儒製造鎧甲、兵械，號召黨羽，免不得走漏了風聲。地方官吏得知消息後派兵前去圍捕。徐鴻儒來不及等到約定的那一天，就先行發難。他先讓黨徒們各自帶著家屬寄居到梁山泊，然後分兩路起兵，一路攻打魏家莊，一路攻打梁家樓。兩路紛紛得手，接著又攻陷了巨野縣城，徐鴻儒隨即建元稱帝，稱為大成興勝元年，中興福烈帝。一時來不及置辦服裝，就命眾將士用紅巾包頭，算作標記。
徐鴻儒攻陷巨野之後，就去攻打鄆城。鄆城無兵可守，知縣餘子翼貪生怕死，一溜煙逃走了。於是曹、濮一帶相繼震動。兗西道閻調羹火速向上求援，巡撫都禦史趙彥一邊約總河侍郎陳道亨合兵剿殺，一邊奏報明廷。朝廷認為這不過是件小事，無須過慮，隻命趙彥趕緊**平。趙彥無從推諉，隻好硬著頭皮前去。然而山東很久沒有打仗了，難以集齊重兵。遼東戰亂之後，朝廷整日籌集遼東糧餉，幾乎已經把山東所有的地皮全部剝削幹淨，此時兵少糧缺，如何平定叛亂？趙彥奉命後無計可施，隻好日夜操練從鄉裏找來的壯丁，暫且救急。那時，鄒、滕兩縣警報迭傳，鄒縣通判鄭一傑和滕縣知縣姚之胤都逃得不知去向，兩城均被匪徒占據。趙彥就命都司楊國盛、廖棟等人帶著兵馬前去截擊。那賊匪既沒有紀律，又沒有謀略，不過借著一些江湖賣藝的幻技，說是能剪紙成人、撒豆成兵，哄騙些愚夫愚婦，嚇走那些庸吏庸官。此次楊、廖兩位都司居然有點膽量，合力殺賊，一群烏合之眾，哪裏是兩位將領的對手？於是殺一陣，敗一陣，叛賊紛紛做鳥獸狀散去。沒過幾天，便收複了鄆城，奪回了巨野。雖然官兵屢獲勝利，但賊兵的勢力卻始終沒有削減下去，這邊逃散，那邊嘯聚。楊國盛、廖棟日夜追剿，也不免疲於奔命。趙彥上言說賊匪越來越多，官兵卻越來越少，請朝廷留下京師的部隊以及廣東的援軍，以備征調，並舉薦之前的大同總兵楊肇基，統率山東軍討伐逆賊。朝廷降旨一一照準。