初二這天下午，也就是袁世凱在等張之洞電報的時候，楊銳的複奏遞到景仁宮光緒的禦案上。此時，光緒已經回宮。本來天子正寢在養心殿，但光緒專寵珍妃，經常在景仁宮。
按照前天光緒給楊銳的密詔，他們軍機四章京應當共同商議複奏。但楊銳因為擔心林旭、譚嗣同等人事機不密，因此自作主張獨自複奏。他給皇上提了三條建議：一是皇太後親手把天下授予皇上，因此皇上遇到什麽事情，應該順著皇太後，事情不太順利的時候，皇上不要固執己見；二是皇上要推行變法，應該有個輕重緩急，有些事情不妨放緩一步；三是提拔新的大臣，撤換守舊大臣，不宜太急太多。
光緒近來檢討變法以來的一些做法，的確失之於急躁。尤其是沒有聽取太後的意見，撤換禮部堂官，罷掉李鴻章的總署之職，徒然加深了太後的成見。所以收到楊銳的複奏，深以為然，立即召楊銳麵商。君臣幾乎是促膝而談，楊銳將外間對變法的種種誤解以及他的擔憂如實奏報。他又向光緒建議，為了能夠緩和帝後關係，減少守舊大臣的抵觸情緒，最好能讓康有為立即離京。讓他到上海辦報就是一個最好的理由，這也是對他的保護。
按照朝廷製度，上諭原件都要交回。尤其是楊銳所奉為密詔，他直接麵呈光緒。光緒說道：“這道密詔就賜給你吧，你還是要讓他們幾個人都看一看，知道朕無意違背太後之苦衷。”
楊銳走後，光緒深思他的建議，覺得不愧是老成之見。最後他決定采納楊銳的建議讓康有為立即出京，親筆寫了一份給康有為的密詔：
朕今命你督辦官報，實有不得已的苦衷，非筆墨所能盡諭。爾可迅速出外，不可遲延。你一片忠心熱腸，朕所深悉。爾須愛惜身體，善自調攝，將來還可更效馳驅，共建大業。朕有厚望焉。特諭。