導遊領著我們一層一層地進到各個殿堂，每層空間都很高，而且第二、三層麵向西南一側還建有低於殿堂的寬敞陽台，使光線能夠進入殿內，不致陰暗。
令我驚歎的是，幾乎所有殿堂的回廊壁麵上，都有用西藏本土天然植物塗料繪製的畫飾。題材涉及宗教、政治、曆史、文化、社會生活等多個領域，或為自然景觀，或為曆史典故，或為藏族舞蹈、體育競技等等，既有藏地山水風光、藏人狩獵場麵以及各類動物形象，又有佛經教義、神話傳說、曆史故事描繪。尤其是中層廊道上長達九十二米的“西藏史畫”，畫幅精美，內容龐大，從羅刹女與神猴結合繁衍藏族的遠古傳說開始，直到九世達賴創立業績結束，堪稱一部壯闊的“西藏繪畫史記”。而大殿東門左側回廊的壁畫，以連環畫的布局形式，詳細描繪桑耶寺興建的過程。其中寺院竣工時，藏王赤鬆德讚親臨現場主持開光大典，場麵盛大而喜慶。此外，還有西藏各部落的興衰、吐蕃首位君王聶赤讚普的生活、佛經自天而降傳入西藏、鬆讚幹布統一西藏以及迎娶赤尊公主和文成公主、大昭寺的興建、金城公主進藏圖、王子宴前認舅、朗達瑪滅佛等等，可謂浩如煙海，洋洋大觀，簡直就是一部西藏史的演繹與布展。
這些壁畫雖然塗料皆為深藍、紫紅、青灰、土黃等冷暗顏色，且因年代久遠看上去不夠鮮亮，但其表現手法生動活潑，裝飾趣味古樸濃鬱，不僅契合了整個寺院殿堂的氛圍，而且鮮活再現了藏民族千百年來的王朝更迭、政教生態和民俗風情，引人入勝地把我們的思緒拉向了曆史深處。
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在第二層殿堂南側的“蓮花生傳記”壁畫下，導遊指著一隻手掌印說，這是蓮花生帶蓮花紋的手掌印，隻有佛法無邊的高僧才會有這種蓮花紋掌印。蓮花生本是印度高僧，卻把佛教密宗傳入西藏，深受藏族人民愛戴，而且桑耶寺就是在他的統領下曆時十二個春秋興建的。傳說蓮花生是被藏王赤鬆德讚請來修建寺廟、降伏妖魔的，為讓藏王見到未來寺廟景象，他以法力在手心幻化出寺院的幻影，引得藏王一聲驚呼“桑耶！”（出乎意料的意思）於是，桑耶寺由此有了千古不變的名號。導遊還即興講了一些蓮花生建寺的奇聞異趣，說是建寺勞力不夠，白天人建，夜晚神建（為蓮花生使法所引）；又說寺廟建到一半時，由於花費過大，國庫空虛，藏王憂心，蓮花生告訴藏王隻要與墨竹龍王結成好友就可得到支持。於是，藏王連續數日親陪蓮花生到墨竹湖邊修法，終於感動龍王送來沙金，助寺順利建成。