崖山是廣東省江門市新會區的南部海上的一座島嶼，位於江水入海口處，離岸四十千米。明代黃淳等重修《崖山誌》記載：“崖山在新會大海中，非舟楫莫能至。”崖山頗大，據《崖山誌》記載的原文是：“周八十餘裏，延二十八裏，袤三十四裏。”其南麵聳起如高山，向海之麵形成陡峭的懸崖，故名崖山。崖山與古兜山之湯瓶嘴對峙，像一道門，又被稱之為崖門。入海口處有無數小島、礁石，水流紊亂凶險，之外是一望無際的汪洋大海。崖門寬僅裏許，形成天然港口，內可藏舟艦。每當大風自南而來，海水排闥而入，怒濤奔騰，浪湧如山。其北麵水淺，隻能行小船。大船隻有在早晨和中午漲潮時分才可以順潮而入，待落潮時順潮而出。崖門外散落著洲石小島，據此可控製崖山海上而至烏豬洋一帶，地理形勢十分重要。“張公世傑以為天險可扼”的記載多見於典籍。文天祥也說“世傑以為形勝安之”。
行朝於六月初七從硇洲始發，二十三日到達崖山。崖山原來就有宋軍把守，稱為崖山寨。朝廷一到，即派人入山伐木，在西邊山麓建造起行宮三十間，其中正殿因為是楊太後居住，故名為“慈元殿”，是朝廷上朝議事的場所。宮外設立行朝草市，建軍屋三千間，讓文武百官得以安頓。此時除逃走和死亡外，尚有官軍民二十餘萬。大部分人安住在舟船內。糧食資給從粵西和瓊州等地取辦。朝廷組織工匠加造戰船，製作兵器，同時，步兵、水師加緊操練，準備迎敵。
朝廷調整了官員，八月十八日，封少傅張世傑為越國公，封在外作戰的右丞相文天祥為信國公，以姚良臣為右丞相，夏士林為參政知事，王德為同知樞密院事，張德為殿前都檢點。陸秀夫內籌軍旅，外調工匠，在顛沛流離之際，他還書寫和注釋四書《大學》章句，教帝昺學習，與之建立了良好的師生關係。