朝廷下達拒絕二次請願的上諭後，軍機大臣即要民政部飭內外城巡警總廳禁止各報館刊登關於國會請願各事，並不得妄加訾議；派巡警隨時密探代表舉動，授意尚書善耆勸代表迅速出京。北京國會請願同誌會成立以來，一直沒有立案，善耆為保護這個團體，命外城巡警總廳傳諭代表，再不立案，即應解散。7月3日，代表團開會討論，公推康士鐸為臨時會長，主持會議。討論多時，議決將請願同誌會附於代表團之內，由同誌會推舉兩人掌理一切職務，由代表出名呈報立案，待批準以後再公舉幹事，作為正式成立。第二天便到外城巡警總廳立案。巡警總廳呈報民政部。民政部侍郎和各丞意見不一，多主應轉商軍機大臣決定。善耆不以為然，對他們說：“凡人民結社立會能不違背法律者，本部即有保護之責。查國會請願一事，多係誌士熱心愛國，以和平主義力求進行，現在預備第三次請求，以冀挽回上心，該會既無強挾之要求，即為不背法律之明證，應即允準立案，何必請商政府，致多周折。”當即批準。[15]
7月上旬，國會請願代表團發出公啟說：“吾國人民對於政界所抱宗旨，顯分兩派，一有政府，一無政府；無政府主不請願，有政府主必請願。而請願一途，又分兩派，一主激烈，一主和平。激烈則必經禍亂而始有效，和平則不釀禍亂而亦未始無效。夫無政府之說，同人等與諸君子絕對不能附和，無待詞費。即主張請願，或以出於激烈之故，上下交哄，中外紛乘，吾國現象如何，豈宜有此經曆？本以國利民福懸為正鵠，毫厘千裏，差謬懸殊，求果擇因，不敢不慎。是以同人議決之案，一以和平進行為宗旨，而其作用亦即伏於康莊坦**之中，以冀收真力彌滿之效。議決案內謂必各府廳州縣皆設一同誌分會為體，而於請願時各屬皆以萬數簽名，一二代表為用，誠能如是，則合舉國之人平時皆耳國會而口國會，屆時請願慘怛呼號，一如寒之欲衣，饑之欲食，真宰上訴，皇天亦泣，誠之所至，金石為開，而謂政府終不睹不聞，誓必絕民而立，抑亦輕量政府之甚”。“故同人顯以真誠啟朝廷固崇邦本之心，即隱以實力動政府顧畏民碞之念。此固同人等仰體先皇帝頒布立憲之公與今上繼誌述事之善，始終冀以君民一德，不驚不擾，促令安全成立，以垂為特色之改革曆史，而不憚委曲繁重以期其域之必赴，諒亦諸君子誌同道合，舍是則無萬全之謀者也”。“同人等今日所竊竊顧慮者，不患不動於上，患不動於下；而下之不動，不患在無應，而患在無呼。夫欲各省府廳州縣皆有請願準備，挈領而振，登高一呼，惟諸君子是賴”。並說，關於農曆九月的間接請願，待谘議局聯合會決定後再行報告。[16]