離開馬裏亞納群島，船隊繼續向西航行，此時他們已經離開西班牙一年半的時間，穿過了大西洋，也橫越了太平洋，來到了東方文明世界的邊緣地帶。對於麥哲倫來說，他的夢想隻差一步之遙，他一定慶幸自己當初的堅持，感謝上帝的眷顧，但他不會想到，這竟是他最後一段航程。
一、短暫的幸福
1521年3月17日他們到達了菲律賓群島，這是一片跨入文明門檻的土地，處於以中國為中心的東亞文明區的邊緣地帶。由於麥哲倫對航線的計算失誤，他們向北偏了約10個緯度，從而錯過了一直尋找的香料群島。不過，他們發現的地方並不比香料群島遜色。查理五世曾允諾，隻要發現6個以上的島嶼，麥哲倫將得到其中的2個，而菲律賓群島有大小7100多個島嶼。
由於在馬裏亞納群島上的不愉快經曆，麥哲倫為了避免與當地人接觸，率領船員登上了一個無人小島進行休息。他們尚不知來到的是一個文明地區，附近島嶼上的居民乘坐小船來到大船旁邊，沒有登船搶劫，而是帶來了各種食物、水果以及工藝品。水手們從船上拿來鏡子、刀子和鈴鐺，這些小物件可以換得他們急需的食品和美味的水果，這些東西很快使船上半死不活的船員恢複了體力和健康。
3月27日，麥哲倫帶領船員們來到一個有人居住的島嶼——馬索華島（Massaw）。在這裏，馬來亞人亨利第一次聽到了熟悉的鄉音，雖然並非聽懂所有語言，但這裏無疑已是馬來語地區，距離香料群島不遠。他們在此進行貿易，並受到了當地酋長的熱情款待。複活節這天，麥哲倫帶領全體船員在海岸邊矗立起高大的十字架，全體跪拜，進行了莊嚴的宗教祭禮。不遠處海麵上的3艘航船鳴響禮炮，不明就裏的島民看到如同雷電般的大炮，驚恐萬分，也模仿他們做起了禱告。這樣，麥哲倫帶領一小群基督徒穿越世界上最廣闊的兩片大洋，為他一生虔誠信仰的上帝贏得了一片新的信徒。不過，麥哲倫並沒有止步，他想要為他的上帝奉獻更多，他決定前往菲律賓群島的文明中心——宿務島（Cebu）。