我國是醫藥知識起源很早的國家，在遙遠的原始社會，人們就已經積累了很多的醫藥知識。火的使用對人類的生活具有決定性的意義，它改變了人類的攝食條件，使人的身體得到較好的發育；火能禦寒、防潮，在長期的生活經驗積累中，人們漸漸學會用動物毛皮或植物莖葉包裹身體的某一部位來消除寒濕，用點燃的幹草對身體某一部位進行固定的溫熱刺激來解除苦痛，這就是“熨”和“灸”的開始。他們發現尖狀的東西如尖石塊、荊棘刺等刺激身體的某一部位也能起到醫療作用，便把它們作為醫療工具來使用，這便是“砭”、“針”的發明。《說文解字》：“砭，以石刺病也。”以此也可以看到我國傳統的針灸療法起源之早。
我國古代有“神農嚐百草”的傳說，說他“一日而遇七十毒”，發明了中草藥，這是我國古代經過長期的經驗積累而發明中草藥過程的縮影。我們祖先在曆史上曾經經過一段很長時期的漁獵采集階段，在采集野果、植物根莖、種子和礦物的過程中，他們漸漸辨認出哪些吃了對人體有益，哪些吃了對人體有害，於是口耳相傳，當作醫療經驗傳流下來，這便是最早的“藥”。“藥”是經過曆代人的長期實踐積累下來的，用藥的方法和配伍，不知經過多少人的研究和試驗。
當然，在人的知識低下、把一切難以解決的問題都寄托在神的保佑的時代，人們解除病痛的方法主要還是依靠神。因為當時許多疾病無法了解病因，隻能靠宗教活動向神祈禱，這就決定了我國古代醫和巫是緊密地結合在一起的。在古文字中，醫（毉）字從巫，即反映了這樣一個巫醫不分的社會現實。
正因為古代巫醫不分，我們才能夠從殷墟出土的大量巫史占卜材料中發現一些商代的醫學情況，使我們窺見當時的醫學水平。殷墟甲骨卜辭中有關疾病的資料約有五百條，涉及的疾病據現在可考者有頭、眼、口、牙、喉、鼻、腹、足、趾和有關生產方麵的部位和科類。卜辭把某一部位的疾病稱為“疾×”，如頭有病稱“疾首”，眼有病稱“疾目”，腹有病稱“疾身”（文獻記載商武丁曾患“喑疾”即喉病）。關於起病的原因，卜辭以為有以下幾種：（1）祖宗降祟；（2）妖邪之蠱；（3）氣候變化的影響。治病的方法，則根據以上他們對病因的分析，以祭祀祝禱為主，同時也進行一些藥物治療。我國古代的巫都有相當豐富的醫藥知識，《山海經·大荒西經》和《海內西經》記載，“大荒山之中……有靈山、巫鹹、巫即、巫紛、巫彭、巫姑、巫真、巫禮、巫抵、巫謝、巫羅十巫。從此升降，百藥爰在。”“開明東，有巫彭、巫抵、巫陽、巫履、巫凡、巫相……皆操不死之藥以距之”，巫彭、巫鹹的名字卜辭也常見，《書·君奭》記載“巫鹹乂王家”，古代巫史都是世代子承父業的，因此巫史世家同時也是醫學世家。