清初的理學與心學之爭發生在康熙年間，可以分廷內、館內的論爭。廷內是指康熙帝與崔蔚林關於理學真偽的爭論。館內是指因明史館擬立《道學傳》而引發的關於陽明學是非的爭論。
一、理學真偽之辯
理學真偽的爭論是指康熙帝與崔蔚林在宮中就朱熹和王陽明評價所引發的辯論。崔蔚林為朝臣中王學的尊崇者，他曾問學於王學大師孫奇逢。康熙十八年（1679年）因所撰《大學格物誠意辨》講章一篇進呈，而被康熙帝召至宮中。在宮中，君臣就格物、誠意等問題展開了罕見的直率問答。崔蔚林站在王學立場上對“格物”作出解釋，強調：“格物是格物之本，乃窮吾心之理也。”並對朱熹學說提出質疑，說：“朱子解作天下之事物，未免太泛，於聖學不切。”對朱子格物說太寬泛、太具體化不滿。康熙帝轉而論“誠意”，認為“朱子解‘意’字亦不差”。崔蔚林不同意康熙的意見，他從王學出發，指出：“朱子以意為心之所發，有善有惡。臣以意為心之大神明、大主宰，至善無惡。”在“格物”、“誠意”等範疇理解上與康熙帝意見相左。康熙帝的論據也不甚充足，因此沒有當場加以反駁，以“性理深微，俟再細看”[1]為理由，暫時終止了這場辯論，但他對崔蔚林的觀點是有異議的。不久，康熙帝經過思想上的準備，從程朱理學出發，對崔蔚林的王學觀點進行駁斥。他指出，天命謂性，性即是理。人性本善，但意是心之所發，有善有惡，若不用存誠工夫，豈能一蹴而至？行遠自邇，登高自卑，學問原無獵等，蔚林所言太易。這是說，人性雖說原本是善的，但“意”作為心之所發，應有善有惡，否則就不需要“存誠工夫”。崔蔚林把“意”視為“至善無惡”，如同行遠不自邇，登高不自卑一樣，是荒謬的。康熙帝還從理學分野角度給崔蔚林學術定位，把他歸為王陽明心學係統。