鎮壓了黃巢起義，並沒有能挽轉唐朝急劇衰落的命運。在鎮壓黃巢起義中，各路諸侯都乘機擁兵自重，割據稱雄，不受朝廷製命，相互攻並。汴州刺史朱溫與河東節度使李克用的戰爭剛剛停下來，朱溫又同蔡州節度使秦宗權打了起來；滄德節度使王鐸在漳南高雞泊被魏博節度使子樂從訓殺了，淮南、江南軍將也在相互攻打，混戰、軍亂此起彼伏。
光啟元年（885年）正月，在這一片紛擾混亂中，僖宗從成都出發，三月十一日，返回長安。隻見城中建築十焚六七，宮闕破殘，荊棘滿城，狐兔縱橫，破敗不堪。十三日，僖宗禦宣政殿，宣布大赦，改元光啟。可這時李昌符割據鳳翔，王重榮割據蒲、陝，諸葛爽割據河陽、洛陽，孟方立割據邢、洛，李克用割據太原、上黨，朱溫割據汴、滑，秦宗權割據許、蔡，時溥割據徐、泗，朱瑄割據鄆、齊、曹、濮，王敬武割據淄、青，高駢割據淮南八州，劉漢宏割據浙東，都自擅兵賦，疊相吞噬，廢置不由朝廷。江淮轉運路絕，兩河、江淮賦稅都不輸供長安。朝廷號令，隻行於河西、山南、劍南、嶺南數十州，“王業於是**然”。
從此，秦宗權勢力日益衰落，朱溫崛起中原，舉足輕重。他野心勃勃，常想外掠，擴展地盤，吞並鄰道，因感兵力不足，而四境又都是割據的藩鎮，時常鬱然不快。館驛巡官敬翔探知他的心事，向他獻計說：“明公想圖大事，可一有舉動必為四境乘機入侵。如今隻要指使麾下將士假叛逃到鄰道，然後明公奏告朝廷，傳告四鄰，以自伐叛徒為名就可出兵並吞鄰道了。”朱溫大喜說：“真是天降奇人來幫助我了。”從此，他就依計而行，不斷攻襲鄰道，攻城奪池，在兼並戰爭中，朱溫勢力日益發展。
僖宗文德元年（888年）二月，僖宗以朱溫為蔡州四麵行營都統，諸鎮兵都受他節度，實際上賦予了朱溫征伐吞並鄰道的合法權利。三月六日，僖宗暴死，年二十七。大宦官楊複恭擁立皇太弟壽王傑即皇帝位，改名敏，是為昭宗。五月，昭宗加朱溫兼侍中。這時襄陽守將趙德湮估計秦宗權必敗，舉山南東道投降了朱溫。朱溫大舉進攻蔡州，在城南大敗秦宗權，又攻克北關門。秦宗權退守蔡州中城。朱溫部署諸將環城築28寨，圍困蔡州。八月，攻克蔡州南城。九月，朱溫因糧草沒有及時運到，又見秦宗權已是強弩之末，引兵還汴州。十二月，蔡州將領申叢斫了秦宗權的足，把他囚了，投降朱溫。昭宗龍紀元年（889年）正月，蔡州將領郭璠又殺了申叢，檻送秦宗權到汴州。二月，朱溫獻秦宗權到長安處斬。三月，昭宗加朱溫兼中書令，晉爵東平郡王。朱溫軍勢大盛，取代了秦宗權而成為中原最大的割據勢力、唐朝廷最大的威脅。