目前，高校企業公司治理的行政化色彩依然濃厚，事實上仍然是“基於行政授權”基礎上的分權改革，並未形成有效的權力製衡機製。
（一）國有資產管理體製不順
高校企業盡管處於複雜的國有資產委托代理鏈條的末端，但其本質仍然是國有企業，從國有資產的管理要求來講應該秉持國家整體利益觀，即以實現社會整體利益作為終極目標。目前，高校所辦企業的出資人職責和監管職責統一於其上級主管部門，教育行政主管部門和高校既行使股東權又行使國有資產監督權，其管理模式仍然是“婆婆加老板”的形式。國有資產監督權虛置造成高校所辦企業泛行政化，使得高校所辦企業和其主管部門之間很容易因行政關係而抱團，加劇“內部人控製”現象。
（二）高校企業股權結構不合理
高校企業“一股獨大”的局麵尚未被打破，高校難以形成股東層麵的有效製衡。首先，從角色定位來看，高校兼具出資人和所辦企業的行政主管的雙重身份，現實中很難，也常常沒有區分兩種角色。這就造成了高校行為的主要目標與公司意義上的出資人目標會不完全一致，如果二者麵臨衝突，高校很可能會優先保證行政指標的完成，所有者目標次之，甚至損害所有者的目標。其次，從剩餘索取權的安排來看，高校國有產權代表本身沒有索取控製權和使用收益的合法權益，也不承擔控製權使用的責任，他們代所有者行使職能時，既沒有用好其控製權的充分激勵作用，本身又不受終極所有者對其控製權使用方式的有效監督與約束，所以高校國有產權代表往往傾向於行使廉價的投票權。高校所辦企業股東角色的“缺位”或“越位”，使得董事會成為擺設或經理層的工具，監事會也缺乏獨立性，難以對經理層形成有效的約束，這不利於保護中小股東的權益。