猶太人所在的地方是巴勒斯坦地區。在居魯士和岡比西斯統治時期，這個地區與敘利亞一起屬於波斯帝國的河外省。因為敘利亞和巴勒斯坦原來屬於新巴比倫王國，所以當波斯人征服新巴比倫王國時，它們也就自然地歸屬於波斯帝國了。
據波斯人的資料和猶太人的《聖經》，猶太人在波斯帝國統治之下似乎占有特殊的地位。這種特殊地位首先表現在居魯士對待被新巴比倫王國國王尼布甲尼撒二世俘虜到巴比倫尼亞的猶太人的態度上。尼布甲尼撒二世曾經兩次攻占耶路撒冷，毀壞猶太人的神殿，劫掠神殿中的財物，屠殺猶太人，把許多猶太人擄掠到巴比倫尼亞，這就是曆史上有名的“巴比倫之囚”：
……迦勒底人的王來攻擊他們，在他們聖殿裏用刀殺了他們的壯丁，不憐憫他們的少男處女，老人白叟……迦勒底王將神殿裏的大小器皿與耶和華殿裏的財寶，並王和眾首領的財寶，都帶到巴比倫去了。迦勒底人焚燒神的殿，拆毀耶路撒冷的城牆。用火燒了城裏的宮殿，毀壞了城裏寶貴的器皿。凡脫離刀劍的，迦勒底王都擄到巴比倫去，作他和他子孫的仆婢，直到波斯國興起來。[35]
因此，猶太人和新巴比倫王國的矛盾非常尖銳。波斯人在進攻巴比倫時利用了這種矛盾，因此很容易就攻陷了固若金湯的巴比倫城。在征服巴比倫尼亞後不久，居魯士就宣布將被尼布甲尼撒二世俘虜到巴比倫尼亞的數萬猶太人放回耶路撒冷。據《聖經》的資料，從巴比倫尼亞返回耶路撒冷的猶太人有42360人，此外還有他們的仆婢7337人，又有歌唱的男女200人。[36]
猶太人被允許重建自己的神殿。耶路撒冷的神殿是在新巴比倫王國的尼布甲尼撒二世時期被摧毀的。在占領巴比倫尼亞後，大概是為了爭取猶太人的支持，居魯士讓他們回到耶路撒冷，並讓他們修複被破壞的城牆和神廟，允許他們在耶路撒冷重建自己的聖殿。這受到猶太人的歡迎。關於這件事，在古猶太語的銘文、《聖經》和波斯的銘文中都有記載。