道光秘密立儲遺囑放大圖
清代的帝位繼承，自雍正時期建立秘密立儲製，采用錦匣封名的形式，即由在位的皇帝對所有的皇子進行長期的觀察，當聖意已定，選中哪位皇子時，就用朱筆書寫其名，立為儲，並將朱諭藏於錦匣之內，懸置於紫禁城乾清宮“正大光明”匾額之後。當皇帝臨終時，由禦前重臣共同拆啟，當眾宣讀並傳閱，獲得書名的皇子隨即踐祚稱帝。乾隆、道光等人均是通過這種辦法繼位的。
鹹豐元年（1851）,積怨已久的矛盾終於在廣西桂平縣金田村爆發，而後起義以燎原之勢在南部中國迅速發展。鹹豐三年（1853），太平軍攻下南京，部署稍定，即著手東征北伐。東征是要搗毀清廷糧食和資財的供應大後方江浙一帶，北伐直搗清廷的老巢——北京。太平軍由羅大綱和吳如孝統率，沿江東行，清兵不戰而潰。照計劃，路軍隊如乘勝攻下丹陽，直指蘇常二府，早已密約的上海會黨會及時響應，東征軍前往接應，吳中至上海一帶唾手可得。但是東王楊秀清恐天國京畿兵力薄弱，再加上向榮已經追至天京，使得太平軍的力量受到了極大的牽製，蘇、常二府沒能攻下，對太平軍來說實為一大失策。依靠來自於這些地區的漕糧，清廷得以保留養命之源。
洪秀全像
即便如此，太平天國運動對清朝漕運體製的打擊也是致命的：其一是上海陷落，導致江浙兩省漕糧出海口問題遇到難題。其二是太平軍攻下揚州，揚州係南省河運漕糧集散地，河運漕糧本應於此地集中，再分幫北上。揚州陷落後，清代漕運河道被切成兩段，使得江西、安徽、湖南、湖北等省漕糧無法再依靠運河。其三是南方省份成為主戰場，自鹹豐二年起，湖南等省河漕停止，再也沒有恢複。隨著太平天國起義的爆發，這幾省的河運漕糧實質上已經終止。其四也是最為重要的，是在鎮壓太平軍的過程中，掌軍督撫逐漸形成尾大不掉之勢，清廷原有財政奏銷體製發生變化，地方財政權力後來居上，直接影響了漕糧海運的具體運作。