鹹豐六年（1856）九月，“亞羅號”事件爆發。英法聯軍於八年三月到達大沽口，雙方開始談判。九年五月，英法軍隊再赴大沽，遭僧格林沁重創。十年六月，聯軍又至大沽，占領天津後直趨北京，九月火燒圓明園。鹹豐帝逃往承德，於十一年七月十七日病死。在此期間，清廷政局動**，英法軍艦在沿海頻繁出現，並一度占領天津，使得江浙兩省漕糧海運飽受影響，河運呼聲抬頭。與此同時，在與太平天國起義軍作鬥爭的過程中，隨著曾國藩、李鴻章等人作用的發揮，清廷逐漸取得軍事上的優勢，並克複了江浙大部分地區。與軍事活動相配合，清廷也著手推行政治攻勢，大力施行收買人心的舉動。其中最重要的舉措就是減賦運動。當然，這種減賦運動，是隨著戰爭的升級而逐步摸索出來的，並基本上與曾國藩、李鴻章等務實派人物控製地方實權的步伐一致。減賦運動曾廣泛開展於諸多省份，雖時間不盡相同，但主要集中於核定地丁漕糧、裁革部分浮收這兩個方麵。與漕糧海運最為相關，效果也最為明顯的，當為江浙兩省。
在有漕諸省開展減賦運動的同時，清廷也開始進行恢複漕運製度的努力。隻是這種努力在江西、湖北、湖南、安徽等省沒有收到好的效果，它們的河運漕糧製度已經在事實上宣告結束，再也沒有恢複。能夠繼續起運南漕本色的隻有江浙兩省。經過減賦運動，江浙兩省的漕運體製得到整合，使得海運還有留有餘地。這也是為什麽江浙海運能夠得到恢複、並有所發展的原因。應該說，隨著太平軍的被鎮壓，在曾國藩、李鴻章、左宗棠等人的努力下，清廷似乎又恢複了生機和活力。漕糧海運的重新進行，正是其中的重要步驟。
當浙江巡撫何桂清調任兩江總督時，他也將自己的工作作風帶到江蘇。他堅決反對江蘇截漕，指責江蘇官員“凡事為私不為公，為官不為國”。經他斥責，使得截漕之事“辦得無人有臉敢見我”。他又宣稱：“處處向人求乞，年年要截漕米，真不能不歎辜恩溺職者，滿目皆是也。試問天下尚有何處富於此邦，而能接濟此邦者耶？”在他的努力下，江蘇八年漕糧沒有像以往那樣進行截留。