盡管袁崇煥持有上方劍，但是像毛文龍這樣級別的大將，也不是想殺就殺的。他私自斬殺毛文龍這樣的大事，不能不向北京稟告。袁崇煥為了證明他做得沒有錯，在給崇禎的報告中，強調毛文龍的12大罪狀，並用數據說話。
報告中說，毛文龍屬下，老弱病殘加在一起，不到47000人，還包括不在編製內的民兵。真正在編製內的士兵，還不到2萬人。毛文龍上報編製內的將領有1000人，其實不到100人。
袁崇煥知道他擅殺毛文龍，是違反製度的。在報告中，他承認自己有罪，要求處分。
崇禎上台之後，聽到關於毛文龍的消息都是負麵的。比如，此人是閹黨圈子裏的，給魏忠賢建過生祠，冒領軍餉，私自做買賣等。但是，同樣作為魏忠賢的受害者，崇禎認為，閹黨圈子裏的人，也得區別對待。袁崇煥是好樣的，死活不加入閹黨圈子，結果怎麽樣？還不如毛文龍這個加入的呢，最起碼，他還能為政府、為人民辦點事兒。最近，崇禎對遼東放心不下，沒事就研究遼東地圖，他發現牽製後金政府的軍事活動，毛文龍是不可或缺的人物。
崇禎聽人說，在朝鮮毛文龍還是有一定號召力的。隻要毛文龍在，朝鮮就敢和後金叫板。
看到袁崇煥的報告中，提到他已經把毛文龍殺了，崇禎火冒三丈。對朝廷這麽重要的人，姓袁的不請示不報告，說殺就殺了，這不是不把他這個一把手放在眼裏嗎？雖然給你點權力，但你也不能想幹什麽就幹什麽吧？毛文龍再該殺，也輪不到你殺啊！你明知道朝中無人，還要求我撤你的職，這不是將我的軍嗎？
崇禎最後還是忍了、認了，5年內，姓袁的能收複遼東，啥事沒有，如果不能，等著瞧吧，這筆賬，先給你記下。
崇禎接著往下看，在報告中，袁崇煥又提到，暫時不宜往鎮江另派主帥，提議由毛文龍之子毛承祚擔任。為了防止皮島嘩變，請速給毛文龍屬下撥發餉銀。又要求壓縮毛文龍舊部的編製，定編製兩協，騎兵10營，步兵5營，每年餉銀42萬，米13萬3千石。