朱子真正是受了孔子的“蘇格拉底傳統”的影響，所以立下了一套關於研究探索的精神、方法、步驟的原則。他說：“大抵義理須是且虛心隨他本文正意看”，“隻虛此心，將古人語言放前麵，看他意思倒殺向何處去”。怎樣才是虛心呢？他又說：“須是退步看。”“愈向前愈看得不分曉，不若退步卻看得審。大概病在執著，不肯放下。正如聽訟，心先有主張乙底的意思，便隻甲的不是，先有主張甲的意思，便隻見乙的不是。不若姑置甲乙之說，徐徐觀之，方能辨其曲直。橫渠（張載，1020-1077）雲，‘濯去舊見，以來新意。’此說甚當。若不濯去舊見，何處得新意來？”
十一世紀的新儒家常說到懷疑在思想上的重要。張橫渠說“在可疑而不疑者，不曾學。學則須疑”。朱子有校勘、訓詁工作的豐富經驗，所以能從“疑”的觀念推演出一種更實用更有建設性的方法論。
他懂得懷疑是不會自己生出來的，是要有了一種困惑疑難的情境才會發生的。他說：“某向時與朋友說讀書，也教他去思索，求所疑，近方見得隻是且恁地虛心，就上麵熟讀，久之自有所得亦自有疑處。蓋熟讀後，自有窒礙不通處，是自然有疑，方好較量。”“讀書無疑者須教有疑，有疑者卻要無疑，到這裏方是長進。”
到了一種情境，有幾個發生互相衝突的說法同時要人相信，要人接受，也會發生疑惑。朱子說他讀《論語》曾遇到“一樣事被諸先生說成數樣”，他所以“便著疑”。怎樣解決疑惑呢？他說：“隻有虛心。”“看得一件是，未可便以為是，且頓放一所，又窮他語，相次看得，多相比並，自然透得。”陸象山（1139-1193）是朱子的朋友，也是他的哲學上的對手。朱子在給象山的一封信裏又用法官審案的例說：“（如）治獄者當公其心……不可先以己意之向背為主，然後可以審聽兩造之辭，旁求參伍之驗，而終得其曲直之當耳。”