怎樣才是“注意係統的整理”呢？學問的進步不單靠積聚材料，還須有係統的整理。係統的整理可分三部說：
（甲）索引式的整理。不曾整理的材料，沒有條理，不容易檢尋，最能銷磨學者有用的精神才力，最足阻礙學術的進步。若想學問進步增加速度，我們須想出法子來解放學者的精力，使他們的精力用在最經濟的方麵。例如一部《說文解字》，是最沒有條理係統的；向來的學者差不多全靠記憶的苦工夫，方才能用這部書。但這種苦工夫是最不經濟的；如果有人能把《說文》重新編製一番（部首依筆畫，每部的字也依筆畫），再加上一個檢字的索引（略如《說文通檢》或《說文易檢》），那就可省許多無謂的時間與記憶力了。又如一部《二十四史》，有了一部《史姓韻編》，可以省多少精力與時間？
這種書的功用，在於節省學者的功力，使學者不疲於功力之細碎，而省出精力來做更有用的事業。後來這一類的書被科場士子用作夾帶的東西，用作抄竊的工具，所以有許多學者竟以用這種書為可恥的事。這是大錯的。這一類“索引”式的整理，乃是係統的整理的最低而最不可少的一步；沒有這一步的預備，國學止限於少數有天才而又有閑空工夫的少數人；並且這些少數人也要因功力的拖累而減少他們的成績。偌大的事業，應該有許多人分擔去做的，卻落在少數人的肩膀上：這是國學所以不能發達的一個重要原因。所以我們主張，國學的係統的整理的第一步要提倡這種“索引”式的整理，把一切大部的書或不容易檢查的書，一概編成索引，使人人能用古書。人人能用古書，是提倡國學的第一步。
（乙）結賬式的整理。商人開店，到了年底，總要把這一年的賬結算一次，要曉得前一年的盈虧和年底的存貨，然後繼續進行，做明年的生意。一種學術到了一個時期，也有總結賬的必要。學術上結賬的用處有兩層：一是把這一種學術裏已經不成問題的部分整理出來，交給社會；二是把那不能解決的部分特別提出來，引起學者的注意，使學者知道何處有隙可乘，有功可立，有困難可以征服。結賬是（1）結束從前的成績，（2）預備將來努力的新方向。前者是預備普及的，後者是預備繼長增高的。古代結賬的書，如李鼎祚的《周易集解》，如陸德明的《經典釋文》，如唐、宋的《十三經注疏》，如朱熹的《四書》、《詩集傳》、《易本義》等，所以都在後世發生很大的影響，全是這個道理。三百年來，學者都不肯輕易做這種結賬的事業。二千四百多卷的《清經解》，除了極少數之外，都隻是一堆“流水”爛賬，沒有條理，沒有係統；人人從“粵若稽古”“關關雎鳩”說起，人人做的都是雜記式的稿本！怪不得學者看了要“望洋興歎”了；怪不得國學有淪亡之憂了。