對於皰疹性咽峽炎，我們還沒有針對性的特效藥，都是對症治療，進行適當的護理，幫助孩子緩解症狀。如果孩子精神、吃飯、體溫各方麵都還可以，我們就讓孩子多喝水、多休息，等待疾病恢複。如果孩子出現高熱、咽痛等不適，我們也可以對症治療。
1. 一般治療：控製高熱
對於腋下溫度38.2 ℃以上的孩子，遵照醫囑給予退熱藥物降溫。常用退熱藥物有：布洛芬、對乙酰氨基酚，兩次用藥的最短間隔時間為4小時，24小時不超過4次。對於因發熱引起不適感的孩子，應給予物理降溫，如退熱貼、頭部冷敷、枕冰袋、腹股溝處放置冰袋等，若物理降溫無法提高孩子的舒適度，應當停止物理降溫。
2. 病因治療：尚無特效抗腸道病毒藥物
不推薦使用阿昔洛韋、更昔洛韋、單磷酸阿糖腺苷等藥物治療皰疹性咽峽炎。
推薦幹擾素α噴霧或霧化治療。幹擾素α噴霧或霧化有一定療效，該藥是皮膚黏膜局部抗感染免疫的關鍵調節因子，黏膜給藥可發揮局部抗病毒和免疫調節作用。局部用藥使用便捷，兒童易接受，安全有效。
在這裏要給大家提醒一點的是，務必謹慎地使用各類藥物，尤其是利巴韋林。
很多家長都認為，利巴韋林不就是抗病毒的嗎？皰疹不就是病毒嗎？肯定要用啊。然而，雖然此藥有抗病毒的效果，但是目前循證研究認為，利巴韋林的口服製劑可用於聯合治療成人丙型肝炎，霧化製劑則僅適用於呼吸道合胞病毒引起的重症下呼吸道感染，注射劑可用於治療兒童出血熱。孩子的日常疾病中，幾乎沒有利巴韋林的對症之處，所以家長一定不要盲目使用。
另外，抗生素也不要隨便用。有的家長，不管孩子得什麽病，就自己給孩子服用一些抗生素，這是非常不可取的。比如皰疹性咽峽炎就是由病毒引起的，頭孢、阿莫西林、阿奇黴素等抗生素對病毒是無效的。而且抗生素的濫用給孩子帶來的潛在危害不小，我們隻有考慮合並細菌感染的時候，才需要使用抗生素。