在繼任五代火影一個月後，漸漸掌握木葉全局的綱手大人開始了大刀闊斧的調整，因為沒有強勢的勢力站出來反對，這一切進行得非常的順利。
三代猿飛佐助出任木葉學校名譽校長，水戶門炎和轉寢小春擔任木葉學校高級顧問，同時兩人辭去了木葉長老會顧問長老的職務，長老團在幾位殘存長老的一致同意下，正式解散。
自來也大人出任木葉暗部部長，任命暗部閃雷和鬼影為副部長，除自來也的名字是公開的外，兩名暗部副部長都是用得代號，隻有自來也和綱手知道兩人的真實身份。
日向日足奉命重建木葉警備部隊並出任木葉警備部部長，一直擔任木葉監獄監守長的三木堂和日向天愧出任警備部副部長。
五代火影親自兼任外勤部部長，外勤部分為AB兩個分部，A部主要執行A級及以上任務，以山中亥一、奈良鹿久、秋道長治等經驗豐富的中年忍者為主，同時囊括卡卡西、凱、阿斯瑪等青年上忍。因A級及以上級別任務比較少，所以A部成員執行任務並不是固定地班組，而是視任務的情況和木葉的人力調配情況組合成隊執行任務，部分上忍同時兼任B部戰鬥班指導老師一職。
部主要為木葉的中忍和下忍，以青少年為主，主要執行B等及以下級別任務。有固定的班組，一個班為四人，主要采取老帶新的模式，領隊老師一般為中忍或者上忍。考量到整隊實力的平衡，一般情況下是采取一個上忍帶三個下人，或兩個中忍帶兩個下忍，或者四個中忍的組合，而木葉的忍者經過整合後有二十四個這樣的戰鬥班。
五代火影兼任木葉醫療忍者部部長及木葉醫院院長，琳和犬塚爪出任醫療忍者部副部長及醫院副部長。
成立木葉內聯部，負責木葉的日常事務、後勤采購以及基建等，五代火影兼任部長，油女誌弘和靜音出任副部長。