李如楠跟著李如鬆在平壤這邊駐紮了兩個月的時間，期間雙方也發生了幾次小規模的戰爭，不過都影響不了大局，互有生死，而後各自退兵，倒也相安無事。
不過在平壤的時間越長，李如楠發現的問題就越多，最讓他擔心的就是軍中的派係之爭，遼東軍馬自然沒什麽好說的，都是出自李成梁一脈，自然同氣連枝，可是南北之爭，就避免不了了。
李如鬆大軍攻打平壤之時，南北兩軍之間，就因為軍功有了齷齪，當時南兵先登城牆，可是北兵多斬首級，而李如鬆上報朝廷的時候多表北兵斬首之功，而少論南兵先登之功，造成南兵將領與北兵將領之間的隔閡。
碧蹄館一戰後，南軍將領吳惟忠對於北兵將領又多有嘲諷之語，認為北兵作戰不利，如果單用南兵早就收複漢城。
兩軍之間，時常有鬥毆之類的事情發生，可李如鬆和吳惟忠兩人不但不加以製止，還恣意縱容，致使兩軍的矛盾越來越大。
此外明軍和朝軍之爭更是嚴重，兩國爭議不外乎是在糧餉與兵力，朝鮮複國心切，一再催促明軍進兵，明軍將領多半言明糧食欠缺，天候不佳，進兵有所疑慮。
此外明軍也碰到逃兵問題，尤其以遼東兵最為嚴重，而南兵因為家鄉遙遠，反而不會脫逃，為了填補空缺，李如鬆多次向朝鮮要求填補缺額。
此外，明軍將領也多次反映朝鮮提供的敵情不明，無法知道要用多少兵力才可以消滅入侵的日軍。
李如鬆因為受了李如楠的影響，更是完全不相信朝鮮的官員，認為他們很容易泄漏軍機，往往軍情隻要移谘朝鮮官員，他們一回去就會轉告親友，因此明、朝官員多所隔閡。
這些亂七八糟的糊塗賬，讓李如楠也是頭疼不已，最後幹脆不去理會，隻是悶在自家軍中訓練士卒。