鄭成功攻打崇明島，就是為了能夠把家屬安置在這裏，外麵有水師環繞可保無憂，這樣閩軍就有機會騰出手來與清軍再決勝負。但遲遲拿不下崇明島，隻會讓士氣不振的明軍變得更加趨於瓦解。鄭成功得知梁化鳳、管效忠等人已經到達蘇州府，現在雖然他們懾於明軍水師的優勢不敢增援崇明島，但鄭成功同樣不敢冒險，萬一清軍偷渡成功，以現在明軍的狀況，恐怕又會是一場類似南京城下的大敗。
放棄攻打崇明島後，閩軍就不可能再回頭支援浙軍，也會失去對清軍的牽製作用。鄭成功雖然顧不上再管張煌言，但他決定還是分批從崇明島撤退，有斷後部隊就不會被清軍水師追擊，也可以把蘇州的清軍多拖上幾天——鄭成功覺得對深陷內地的浙軍幫助不大，隻能算聊盡人事而已。
雖然這次出擊南京的結果與鄭成功所期望的完全不同，還損失了甘輝、餘新等許多將領，但鄭成功已經開始從負麵情緒中擺脫出來。
在幾個親衛的陪伴下，鄭成功走到海邊。遠望南岸，密密麻麻的火光都是清軍營地的。鄭成功的背後隱隱傳來明軍家屬的哭聲，她們在哀悼今天戰死的親人——由於沒能肅清崇明島的敵軍，所以鄭軍依舊沒能完成軍屬分離工作。
“荷蘭人劫掠我國客商，我已經警告過他們兩次了，說如有再犯必定興兵討伐。”鄭成功在心裏靜靜地想著未來的戰略。為了建立這支軍隊，鄭成功花了差不多十年的時間。這次損失雖然不小，但以現在鄭成功控製的海貿航線，估計有個五年也就能恢複舊觀：“但荷蘭人聽聞我失敗，難免會再起搶奪之心。如果我對他們劫掠漢家的商船置之不理，很快我的收入就會大減；反過來，如果我征討台灣，拿下荷蘭人的基地，以後澎湖、台灣之間的航道收入就不再是我與荷蘭人共享，而是為我所獨占……雖然這也要花費一些時間，但五年之內我依舊可以恢複軍力，而且還多了一個台灣，可以用來安置家屬，下次再進攻南京的時候也就不必擔心後方的安全。”