1、辦公室
協助局領導處理日常工作；協調機關政務工作；負責重大會議組織、文電、政務信息、新聞宣傳、保密、信訪、檔案和安全保衛工作；承辦人大代表、政協委員建議、提案工作；組織起草有關綜合性報告、文件；負責重要工作的督查、督辦工作；擬定局機關規章製度並組織實施；負責管理機關行政事務性工作和社會公益性活動；負責局機關及直屬事業單位的計劃生育工作；承辦局領導交辦的其他工作。
2、人事勞動處
承辦局機關及直屬事業單位人事、勞動工資、機構編製、年度考核工作；擬定農業技術推廣隊伍建設規劃和有關政策；組織農業專業技術資格及行業特殊工種技能鑒定標準的實施；負責科技幹部管理，專業技術人員職稱評定和聘任工作；負責工人等級培訓、考核和養老保險工作；負責局機關及直屬事業單位在職人員素質培訓、繼續教育工作；承辦局領導交辦的其他工作。
3、法規處
研究擬定農業產業政策，引導農業產業結構合理調整、農業資源合理配置和農業產品品質的改善；起草有關地方性法規草案；監督檢查有關農業法律、法規的實施情況；指導農業行政執法體係建設和法製宣傳教育工作；承擔有關行政複議工作；作為農業局對外窗口進行行政審批工作；承辦局領導交辦的其他工作。
4、計劃財務處（掛項目謀劃發展處牌子）
研究擬定農業與農村經濟發展戰略、農業中長期發展規劃；協調農業各產業間結構調整與綜合平衡工作；承辦重大農業建設項目遴選和扶持具有示範效應的產業化項目審核工作，監督農業項目資金的使用，保證項目資金落實到位；參與研究提出有關農業和農村發展的財政、稅收、信貸和保險政策建議；管理局管資金；指導行業及直屬事業單位財務管理、資金使用與財會人員的監管；對機關及直屬事業單位國有資產的處置、租賃等進行監督管理；負責直屬單位的財務審計工作；負責全市農業係統對外開放、招商引資；負責組織全市農業對外經濟技術交流與合作；對內引進項目、資金、智力；謀劃全市農業發展項目，並協助各縣（市）區及直屬各單位搞好新項目開發；對全市農業重點項目開發提出規劃、方案及建議；承辦局領導交辦的其他工作。