鄭克臧編練童子軍的目的是為了有一支能貼身保護自己的力量，但是他也希望能將這支還沒有起步的小軍隊有朝一日擴充為明鄭的主要力量，因此他擬定的童子軍的編製相對現而今鄭軍的體製有了不小的改變。
鄭軍現在的體製是當年朱成功在東渡台灣之前厘定的，實行的是五五製。
其陸師最高編製為軍，有前、後、左、右、中等五個軍。五軍由名為總督五軍戎政的高級武官統轄，每個軍則分設提督一員、總理監營一員、左右協理監營各一員具體指揮部隊。軍以下為鎮，有五常鎮、五兵鎮、五行鎮、五援鎮、五衝鎮、五宣鎮等名號不同的鎮若幹，每鎮設鎮將、監督、監營、督陣官、戎政司馬各一員。鎮以下為協，每鎮設前、後、左、右、中五協，由協將統領。每協轄正領班五員，正領班又轄副領班二員。副領班轄班長、衝鋒官各一員。班長和衝鋒官各轄士兵五名。以這個編製，一協就有約二百人，一鎮應該不少於一千兵馬，但事實上由於鄭軍幾經大戰，又丟失了大陸兵源地，所以缺額甚多，所以常常連一半左右的數目都達不到。
也不是全部鄭軍都缺額甚多，至少由朱錦親自掌握的五衛親軍就是大部滿員的。五衛親軍指的是左武衛鎮，由親丁鎮、左右戎旗鎮、左右武驤鎮改編的右武衛鎮，左虎衛鎮，由左右驍騎鎮改編的右虎衛鎮和編製特別、統轄親隨前後左右中等五營的鑾儀衛鎮。為了與普通的鎮區別，五衛親軍的各鎮設總兵一員，以示位尊。
鄭克臧手裏隻有一百五十個正太，因此他隻能以五人一組，每組設衝鋒官一人，三組一班，每班另有班長一人計十六人，三班一隊，每隊另有領隊及傳令的訊兵各一人，合計五十人。然後三隊一百五十人合一營之數，營官一職由鄭克臧自將••••••