由於玫瑰夫人號屬於船長本人，所以澳門的評議會是在整整兩個半月之後才發現這條主要在東亞跑近海貿易的商船神秘失蹤的，對於各種可能性都作出判斷之後，澳門評議會認定該船是闖關失敗後落到了明鄭政權的手中，這個認定當即震驚了澳門的葡萄牙商人，他們不敢相信，明鄭真的動手了。
然而不管相不相信，船確認是失蹤了，為了確認事情的真相，在農曆新年過後不久，澳門方麵就通過英國助澎湖商館向明鄭方麵試探的提出贖回人船的要求。
對於葡萄牙人這種近似旁敲側擊的要求，遵奉鄭克臧旨意的通商司對外明確表示沒有遇到過什麽玫瑰夫人號，由於該船正在外人罕至的打狗港內拆修，因此死無對證的葡萄牙人在一籌莫展中被迫相信或許隻是一場海難。
不過在不知道明鄭虛實的情況下，澳門的葡萄牙人即不敢嚐試在未經明鄭政權許可的情況下再次冒險穿越台灣海域，也不敢拒絕明鄭方麵通過英國人再度提出的進入那霸海域必須繳納通海稅的要求，隻是因為顧忌到與廣州方麵的貿易，所以葡萄牙船主們寧可選擇繳納通海稅也不願放棄那霸改由澎湖作為中轉港口。
葡萄牙人當然不甘心自己的損失，此時由浙江巡撫任上調升總督兩廣等處地方提督軍務、糧餉兼巡撫事的趙士麟受命重組廣東水師，他一方麵在碣石鎮設立水師兵營，另一方麵便找上了澳門的葡萄牙人。
“文大人，趙製軍知道貴方的商船為海逆所壞，深為惋惜。”由於康熙不願意光明正大的邀請夷人參與剿滅明鄭的軍事行動中，所以趙士麟也隻能派出自己的幕僚出麵，不過宰相門前七品官，自覺地位高過夷人甚多的某舉人似乎連客套話都不會說了。“如今朝廷將再度征討海逆，正好為貴國報仇，朝廷如此恩德，貴方是否也要報效一二呢？”