通過重金賄賂使得清廷使者免去朝鮮國王郊迎儀式後，為了不在禮儀問題再節外生枝，清朝雙方很快就開始了對三道溝事件人犯的審訊。在勘罪進程中，為了避免引火燒身，朝王李焞極力主張要“寬大”處理犯罪官民，主動提議將施放鳥槍打傷清軍的六名主犯處斬、妻子為奴、其餘越境者十九名因同參越境亦處死、涉嫌玩忽職守和縱容越境的朝鮮官員處以革職流二千裏及降等二級或五級的懲罰。
勘罪進程完結後，清使申請國王擬定一份謝罪書。此時，朝鮮三公到清使駐地楹外自請受罰，聲稱讓國王以文字書寫好像供答於“事體”不安。麵對朝鮮方麵的態度堅決，拿人手短的清使最後不得以之下隻好讓國王口頭向清廷謝罪。
李焞為此謝罪道：“邊民犯法潛越放鳥槍損傷官人••••••非敢有一毫漫忽之心，而事至於此，莫非禁令不嚴之致，今奉皇敕惶悚罔措••••••”
看起來三道溝事件到此有了一個不錯的結尾，然而朝鮮重臣還來不及感到萬幸，事情就起來變化。朝鮮派出以右議政鄭載嵩為首的三使臣組成陳奏使抵達北京時，從正準備返回朝鮮的冬至（朝賀）使那裏打聽到國王被罰銀二萬兩的音訊，三使臣憤憤然，當即決議呈文禮部為國王辯解。他們旁征博引，羅列曆代朝鮮人得罪清朝時處罰止於自己而未及國王的事例，指出罰銀國王“有乖於大朝前後體貼之盛典”。
接到朝鮮三使臣的呈文後，清朝廷內有人主張立即捉拿三使臣，也有人主張將其押解回朝鮮處置。但由於東南方麵明鄭的威脅日趨嚴重，再加上清廷已經隱約聽到朝鮮與東寧之間有所聯絡，因此康熙的態度顯得較為寬容。
當清廷禮部提議下發敕書斥責時，康熙指出“此非小事，不必特降諭旨，但照所撰敕語，令該部繕本具奏，俟啟奏時，止票依議耳。”康熙考慮到事發之初已經下敕書令察議朝鮮國王，假如再發敕書問罪三使臣，不免使“朝人心思離散、徒徒增益海逆，與國朝有損”。