何立德在西班牙駐澎湖商館的歡迎下踏上了東寧的土地，作為在鄭氏統治期間進入東寧的第一位外國傳教士，他的到來引起法、西兩國人士的極大歡迎，當然信奉清教的英國人和信奉路德宗的丹麥對此卻是既嗤之以鼻又滿心嫉妒的。不過何立德卻婉拒了西、法兩國商館要求其留在澎湖主持教堂的要求，反而向明鄭通商司要求進入台灣本土傳教。
出於某種不能明言的圖謀，鄭克臧親自批準了何立德傳教的要求，並建議其在屏東或台北傳教。經過權衡，何立德選擇了移民人數更多的台北縣作為自己的教區。
永曆四十一年六月，書麵承諾不會違反明鄭法律的何立德終於抵達淡水。
後來何立德在他的《福爾摩沙傳教紀略》中寫道：“當時的淡水隻是一個剛剛建設的小鎮，人口大約數千，但全部都是異教徒，在這個主的信仰的沙漠裏，唯一值得慶幸的是，當地政府對我的到來采取了放任自流的態度，甚至還以一筆相對較小的金額向我出售了一塊麵積很大的荒地，等我離開台北時，那塊土地上已經聳立起聖母大教堂的基座••••••”
事實上何立德能在台北很快立足是因為他在醫術上的不俗，特別是他能提供治療瘧疾的特效藥品金雞納霜，正是鑒於他在醫術上的造詣，很缺醫生、醫士的鄭明方麵才默許了他以開設醫科學校的名義招收少年信徒••••••
不過，在這個時代，泰西的醫學還沒有完全擺脫基督教的控製，更不要說發展出超過中醫的臨床醫學了，所以對於鄭克臧對何立德本人的興趣遠不如對金雞納霜的興趣，更遠不如謝思年返航後帶來的探險報告。
掃了掃麵前肅立的幾人，鄭克臧不動聲色的問道：“關於參軍院提議在蝦夷地及北方的苦兀島（注：庫頁島）上駐軍、設船場的建議，軍務司是持什麽意見？”