清初，剛剛攫取了整個中原繁華地區的建州政權心滿意足之下暫時對漠北的喀爾喀蒙古諸部及遠在新疆等地的衛拉特蒙古並無領土的欲望，隻是在漠南蒙古蘇尼特部叛清投靠喀爾喀的車臣汗後才有豫親王多鐸出麵征討。正是經過這一次征討，清廷以“九白之貢（注：八匹白馬和一頭白駱駝）”的方式獲得了獲得了喀爾喀名義上的宗主權，並據此得到了仲裁喀爾喀蒙古與衛拉特蒙古矛盾的權利。
1653年，衛拉特綽羅斯部洪台吉（注：台吉是蒙古首領的尊號之一）巴圖爾去世，繼之的僧格又在康熙九年（1670年）為同父異母的兄弟所暗殺，巴圖爾的遺孀立刻派人前往拉薩，安排巴圖爾的幼子噶爾丹歸來繼位。
時年26歲的噶爾丹應母親的請求向第五世達*賴喇嘛羅桑嘉措和西藏第巴（注：執政官）桑結嘉措辭行，得到了兩人的許可，達*賴喇嘛還親自授予他“丹津博碩克圖”的頭銜，籍此噶爾丹回到家鄉後立刻繼位為洪台吉。
噶爾丹繼位之後不斷要求衛拉特蒙古的其餘各部族歸順自己，並先後接納了杜爾伯特部的阿勒達爾台吉、和碩特部的丹津洪台吉、土爾扈特部的袞布台吉等人，引起來其他衛拉特部族的不滿。衛拉特蒙古盟主鄂齊爾圖車臣汗根據《喀爾喀-衛拉特法典》率部討伐噶爾丹，但卻被噶爾丹擊敗，至此噶爾丹控製了衛拉特蒙古全境，並取消台吉、濟農（副王）、克什（太師）等舊有頭銜確立“宰桑”製度。
該製度規定汗國最高權力屬於汗廷，可汗身邊設立宰桑數名，幫助處理日常事務，凡大事均要稟明大汗。汗庭自上而下設立兀魯斯、鄂托克、愛馬克、四十戶、二十戶等單位，分別由諾顏、洪台吉、宰桑、愛馬克之長、德木其、舒楞額、主管人等大小官員管理，百姓訴訟由紮爾固沁負責，重大案件則由汗國大紮爾固沁裁斷。就這樣噶爾丹將全部權力控製在自己手中，從而完成了從部落聯盟到國家政權的過渡。康熙十七年，五世達*賴喇嘛向噶爾丹贈送了“博碩克圖汗”的稱號，一個新的準格爾帝國便由此誕生了。”