上元節才過，清軍便在官長的驅使下向寧波撲來，在鄭軍無心抵抗之下，清軍次第收複了寧波府城和鎮海縣城，名義上將鄭軍再次逐出了大陸。為了防止鄭軍再次闖入甬江及錢塘江，浙江巡撫張鵬翮力主在乍浦港和鎮海建築炮台。然而建炮台也好、鑄炮也罷都需要錢，清廷財力本來已經極為困頓了，自然兵部是拿不出這筆開銷的。
清史上號稱清代第一清官、政聲甚至好過大小於成龍的張鵬翮自然不會把來錢的目標放在老百姓頭上，張鵬翮不但不把來錢的路數使在老百姓頭上而且上疏北京聲稱紳民一畝地捐穀四合，實在盤剝過重，旋即又以杭州、嘉興、紹興、寧波等府兵禍之後秋收無存為由，請戶部暫免繳納第二年的賦稅。
結果這兩個折子到了北京，康熙一看自然心頭不快，不過張鵬翮是為民請命，若是否決的話豈不是說自己是無道昏君嗎？所以康熙在兩個折子中尋了一個差錯，批示道“昨歲浙江兵禍，循例蠲賦，並豁免錢糧，豈可強令捐輸？鵬翮原題力不能者聽，自相矛盾。”並籍此下部議，心領神會的吏部自然知道如此處置，於是張鵬翮就此貶為了兵部侍郎。
雖然清廷馬上任命貴州布政使蔣寅接任浙江巡撫，但張鵬翮的去職還是使得浙省的軍政出現了空白，不過鄭軍並沒有利用這個機會重新踏足大陸，這倒不是鄭軍的消息閉塞，而是鄭軍正根據蘇浙之戰的戰後總結進行整編。
蘇浙一戰的結果表明鄭軍的兵力不足以支撐大規模的戰事，而且不但是總兵力不足，師團兩級的建製尤小，在單獨投入作戰後不足以應對複雜的局麵，為此鄭軍便迅速調整了現有的編製，將原來的團級編製擴大為八個哨。如此一來步哨的數目擴大一半，單個團的總兵力也有原來一千一百多擴大為一千五百餘。除了團級建製擴大以外，師一級也增加了一個選鋒哨和一個隻配有少量戰馬的斥候哨。選鋒哨與跳蕩哨一樣是重甲純肉搏部隊主要用來在混戰中突破清軍陣線、阻擋清軍攻勢；斥候哨接替騎軍哨承擔探查和傳遞情報的工作，騎軍哨則整編為輕甲燧發槍騎兵，在繼續承擔遠程偵查任務之餘可以充當突破的另一把尖刀。