圍殲了江東的清軍之後，徹底掌握了製江權的鄭軍便用炮船所載重炮反複轟擊廣濟門、竹木門等沿江城牆。盡管鄭軍的炮船數量有限並不很快撼動古老而又堅實的城牆，但卻讓損失了大半兵力的潮州守軍為此膽戰心驚。
九月初六，正當清軍的注意力為江邊的炮船所吸引時，鄭軍主力在青龍廟一線架設浮橋，隨後三天內鄭軍全軍渡過韓江。鑒於鄭軍已經渡過江，為了防止福州總督、將軍一起被俘的故事重演，吳興祚被迫連同剛剛自江西逃回的拜音達禮率旗兵及督標一部狼狽逃亡惠州，隻留下李林隆率著一萬餘人死守潮州城。
鄭軍在潮州城下進行了短暫的整編，在調劑補充了左射聲師的損失之後，鄭克臧命令剩下的一萬一千多新附軍對潮州實施猛攻。在虎視眈眈的鄭軍脅迫下，新附軍發揮了百分之二百的戰力，雖然沒有立刻攻下潮州城，但日夜不停的攻擊還是讓潮州城頭疲於應付。正當李林隆的全部注意力都被城南、城西的新附軍所吸引時，下水門城樓被江上炮船擊毀。麵對腹背受敵的情況下，缺少了總督和將軍主持的潮州城更是人心浮動。
不過還不等潮州城中的綠旗兵將領有所行動，九月初八，狼狽逃出潮州城的吳興祚、拜音達禮兩人在普寧縣城匯合了來自惠州、肇慶以及廣西、湖南等地援軍後卷土重來。麵對在腹部出現的三萬多清軍，鄭克臧當即決定留下昆侖奴軍和水師一部繼續監控潮州之敵，其餘兵力悉數西指，先打垮了援軍後，再回攻潮州。
“海逆突然撤圍西去，想來必然迎擊總督大人帶來的援兵了，”在潮州城裏，提督李林隆招來各路營官議事，他不是不知道這些人中存在魑魅魍魎，但是考慮到鄭軍一旦擊敗了吳興祚的援兵，潮州的覆亡也就是指日的事。“所以本官決意率兵出擊與總督大人夾擊海逆。”