大明永曆四十六年十一月十五日，在數萬重著漢裝的數萬福州百姓的觀禮下，鄭監國完成了一整套祭天、祭祖、祭社稷的流程，隨即在由福建總督衙門改建的行宮中登上大明皇帝的禦座，成為明王朝第二十位君主，年號武定。
武定帝既然繼位，自然要大肆封賞一遍，世子朱慈烯晉位太子、其餘二子分別為王，至於其餘宗室也分別由升格不提，另外根據鄭克臧的保薦，武定帝還第一時間任命了四名內閣大學士、六部尚書、侍郎、都察院左右都禦史。
其中，浙江督師洪磊出任內閣元輔，是為文華殿大學士、太子少師、新昌伯；福建督師楊英為內閣次輔，是為武英殿大學士、太子少傅、明溪伯；原明鄭政事堂左參政柯平為文淵閣大學士、太子少保；原政事堂右參政鄭英平為東閣大學士、太子少保。
又以廣東督師鄭斌出任吏部尚書、浙東巡撫陳繩武出任禮部尚書、政事堂左參議林良瑞兼任戶部尚書、政事堂右參議蔡濟兼任工部尚書、警察司司官閆剛為刑部左侍郎掌部事、刑獄司官郭楷為刑部右侍郎參讚部事、軍務司司官林珩以兵部左侍郎掌部事、軍器司司官蔡謙為兵部右侍郎、閩東巡撫吳潛為都察院左都禦史、察言司司官蔡漢襄兼任右都禦史。
不過閣臣也好、尚書也罷都隻是空殼擺設，實際上掌握武定朝實權的還是原來明鄭藩下政事堂及各司司官。當然為了適應形勢的發展需要，政事堂改名為大都督府參軍司，原政事堂左右參政改為大都督府參議、原左右參議改為大都督府谘議參軍。至於各司則更名為大都督府某經曆司，譬如警察司就改名為大都督府警察經曆司。
參軍院此時也跟著改名為大都督府參謀廳，林升的總章參軍事改為總參謀事，同時與洪拱柱、毛洪言、吳淑三人升任為大都督府僉事，孫有勞和林賢兩人的左右同僉參軍事也改稱左右副總參謀事，參軍都承製改為一等參謀、參軍承製改為二等參謀、參軍事改為三等參謀、行參軍事改為四等參謀。由此推而及之，各師、團、哨的總參軍、參軍長、參軍職也分別改為總參謀、參謀長、參謀。