按下景天幾人籌劃利用創世靈光回歸上古不提。且說他們即將經曆的上古，在最初正是個光輝燦爛的時代。宇宙之初，太古巨神盤古創世，在宇宙法則的趨勢下，軀體化為日月星辰、大地山河。盤古並未完全消亡，在其最核心的燦爛精魂中，誕生了上古三皇：天帝伏羲、人祖女媧、地皇神農。地皇即獸皇。對這段曆史，古史有雲：“天數極高，地數極深，盤古極長，而後乃有三皇。”
三皇之間，女媧和神農敬服伏羲，其中神農又微微仰慕女媧。這三皇誕生之後，又分別創立三族：伏羲創造神族、女媧創造人族、神農創造獸族，他們一起生活在盤古巨神開辟的原始大地上。這大陸，被稱為“盤古大地”。後來當神族伏羲強勢，這塊大陸又被改名為“神州大地”。
這時期的神人獸三族各有特點：神族靈力強大、智慧極高；人族善於合作、勇於創造；獸族具備靈獸異能、常與禽獸草木相親，同時數量和種類最為龐大，體格十分強大。這時期的三族精英力量非凡，雖然隻以神、人、獸各自相稱，但在後世眼裏，他們都是神靈一樣的人物。
最開始時，神人獸三族成員數量並不多，並且剛經創世而來的盤古大地上資源極為豐富，因此三皇之紀的三族生活都十分美滿逍遙。
三皇之紀的一切事物，都帶有這時期的一個鮮明烙印：相比後世，距離盤古創世極近。因此這時候大地空間靈氣充斥，極為豐沛。這些靈力直接承繼於太古巨神盤古的神力，距離後來六界分離後靈氣逐漸稀薄消散的趨勢來說，還有漫長的時間。正因具備這樣得天獨厚的條件，三皇之紀湧現出的三族精英，如同天穹星河一樣璀璨燦爛。
三族中獨占鼇頭的神族擁有：日神羲和、月神常羲、春神及生命之神句芒、夏神及火神祝融、秋神及刑罰之神蓐收、海神、風神、冬神及瘟疫之神禺疆、土神、方位之神及幽都大統領後土、雷神雷澤主、九天玄女、應龍、天女魃等諸位神靈。