上古之世，諸神大戰的惡果開始顯現，天地元氣日益稀薄，要像洪荒強者一般完全的煆煉已經成為不可能。將元神和天地元氣混合在一起修煉，養成元嬰以為根本，並最終借助天地元氣重塑肉身的修仙法門逐漸開始流行。
再加上公孫軒轅一統大荒，為了防止神族的勢力死灰複燃，便下令雜徙百族，其目的便是使各族血統混淆，以從根本上摧毀神族存在的基礎。修神法門從此逐漸沒落，而修仙法門逐步壓倒其它諸多修行法門，並最終成為最正統的修行之法。當然此舉引發的反抗也不少，像神族刑天就曾經起兵抗爭，但最終仍是落得個兵敗被殺的下場。
部分神族為了對抗修仙者的霸權，追奉蚩尤為神帝，統合殘部，抗爭不斷，並曾在大禹手上重新奪回大荒霸權，大禹的兒子啟更是建立夏朝，神族勢力一度曾經壓過修仙者，但最終仍然被修仙者擊敗。神族人才日益凋零，雖然幾經掙紮，畢竟是人才匱乏，竟然是無力回天，除了在西夷蠻荒之地的幾個神族分支傳承還比較完整外，在中土的神族遭受了重創，從此活動隻能轉入地下，再沒有昔日的風光，處於弱勢的神族行動自然不可能如之前那般光明正大，手段又不那麽光彩，最後竟然被修仙者打成了魔族，而蚩尤也從此被稱為魔祖，可以說此後做為一個整體的神族其實已經消失在曆史的長河中。也是在這個時期，修仙者中的頂級強者耶和華開始前往西方主持消滅神族的殘存勢力，並最終創造出了天使這種強悍的戰鬥兵器，成為一方霸主。
此後隨著種族的雜徙和人口繁衍，神族血統逐漸擴散入普通人中，伴隨的便是普通神族後裔身上所有的神族血統日益稀薄，也因此普通的神族後裔已經不再能繼承先祖的能力，但在特殊情況下這些神族後裔仍然會覺醒，並獲得先祖的部分能力。即便如此這種能力也是隨著血統的稀薄日益衰落，較之太古神族所能繼承的力量不可同日而語，因為能力的覺醒具有極大的偶然性，因此這種力量開始慢慢為世人所知，便是世間所說的特異功能。