在神洲各派掌門、長老等人的見證下，日後人間界的第一修真門派三元宗簡單卻莊嚴的成立了。在太上護法散仙李慕白的宣告下，孔浩然正式成為了三元宗第一代開派宗主，白正天、玉別離分別擔任副門主，李慕白的其餘六名弟子（即當年十二賢者中的人物，因十二賢者按修行方法和理解不同而分成禮劍、書玄、詩樂三宗，每宗包括宗主在內各有四名賢者組成，禮劍宗慘遭滅門大禍而損失了四位賢者，餘下的便是包括白正天、玉別離在內的這幾位）擔任護法長老。
三元宗將分為內外兩宗，內宗即為完全由修真者組成修煉儒道佛三家修真玄功；外宗即為當前麵對江湖武林開放的宗派，以習練儒家、道家、佛家俗世內功武技為主，如果這儒心宗、佛心宗、道心宗三支分宗有弟子能跨入先天境界，由武入道則轉為內宗修煉修真法訣。為避免三元宗修真內宗存在的駭世驚俗，孔浩然決定三元宗內宗將秘而不宣，包括李慕白、白正天、玉別離等人的存在也將不予公布，隻是讓這些神洲正道的各家門派知道罷了。
三元宗的宗主令符是經過李慕白再次祭煉和改造的“遁天符”，這“遁天符”本是地仙陳摶修煉多年的一件上品仙器，有儲物、隱跡、遁天入地之妙。李慕白硬是憑著曆經兩次天劫足以同普通仙官相媲美的修為，以“浩然正氣”將“遁天符”重新祭煉，做成正麵刻有先聖孔仲尼、如來佛祖、元始天尊三位神像的令符，如此一來這件寶物除了修煉精通“浩然正氣”者而餘者無法驅使，保留了原有的儲物、隱跡、遁天入地的功能外，還添加了以“浩然正氣”為根基的防護法陣，縱然是散仙一流的人物也無法短時間內攻破。
隨著原先書玄宗、詩樂宗和少林佛宗、武當道派的弟子叩拜儒家先聖、如來佛祖、燃燈上古佛、元始天尊四位祖師像，拜見了孔浩然這位掌門宗主，孔浩然宣布了幾條極為普遍的門派律戒後，三元宗便正式成立了。當然這是指做為核心的內宗，外宗的成立還需要在太祖皇上的敕封和眾多武林同道的見證下，才能算是完成。