至於“巡查緝捕”，則是錦衣衛區別於其他各朝禁衛軍的特殊之處，也是它為什麽能為人們牢牢記住的原因。其實朱元璋建立錦衣衛的初衷也隻是用來鹵簿儀仗，但後來由於他大肆屠戮功臣，感覺傳統的司法機構刑部、大理寺、都察院使用起來不太順手，於是將錦衣衛的功能提升起來，使其成為皇帝的私人警察。負責偵緝刑事的錦衣衛機構是南北兩個鎮撫司，其中北鎮撫司是洪武十五年添設，專理皇帝欽定的案件。成化元年，增鑄北司印信，一切刑獄不必關白本衛。北司擁有自己的監獄（詔獄），可以自行逮捕、刑訊、處決，不必經過一般司法機構。南北鎮撫司下設五個衛所，其統領官稱為千戶、百戶、總旗、小旗，普通軍士稱為校尉、力士。校尉和力士在執行緝盜拿奸任務時，被稱為“緹騎”。緹騎的數量，最少時為1000，最多時多達60000之眾。錦衣衛官校一般從民間選拔孔武有力，無不良記錄的良民入充，之後憑能力和資曆逐級升遷。同時，錦衣衛的官職也允許世襲。
明朝前兩代皇帝朱元璋、朱棣，由於其出身的特殊性，對皇權的維護，以及對官吏的清廉要求有其他朝代所沒有的高度要求。這就使得錦衣衛“巡查緝捕”的職能無限度的擴大了。一般來講，錦衣衛的工作隻限於偵察各種情報、處理皇帝交付的案件，但適逢野心大、心腸狠的指揮使掌權，就會利用職務之便不遺餘力地製造事端，既可以打擊異己，也可以作為自己升遷的資本。如成祖時的紀綱、英宗時的逯杲、武宗時的錢寧等，在他們掌權時，緹騎四出，上至宰相藩王，下至平民百姓，都處於他們的監視之下，對他們的命令隻要稍有拂逆，就會家破人亡，全國上下籠罩在一片恐怖氣氛中。北鎮撫司大牢中更是關滿了各種各樣無辜的人們，死於錦衣衛酷刑之下的正直人士更是不計其數。更為可怕的是，這種恐怖的氛圍，與唐武則天時期的短期出現不同，終明一朝幾乎是綿綿不絕，這種無節製的濫捕極大地影響了皇帝與官僚機構之間的關係，使百官、民眾、軍隊與皇帝離心離德。