東漢時張陵創天師之道，奉太上老君為教主；東晉楊羲、許謐等開上清派別，靈寶派肇立之初，即奉元始天尊為祖師，此點與天師道、上清派不同。太上老君本為張陵天師道信奉的最高大神，但隨著靈寶派的興起與元始天尊、太上道君的神格確定，太上老君漸退居於三清之第三位，並得到整個道門的認同。
三清之下為四禦，即“太上昊天至尊金闕玉皇上帝”、“南極星主紫微中宮天皇大帝”、“中天星主紫微中宮北極大帝”、“承天效法厚德光大後土皇地祗”。四禦之後為九真，即“南極長生大帝統天元聖天尊”、“東極青華大帝太一救苦天尊”、“貞明大聖九天應元雷聲普化天尊”、“九天雷祖大帝除災濟物天尊”、“紫微碧玉宮太一大天帝保製劫運天尊”、“六天洞淵大帝伏魔上上太一天尊”、“六波天主帝君普施法潤天尊”、“九天可韓司丈人朱陵度命天尊”、“九天采訪使應元保運妙化天尊”。其下則尚有仙官真人、天師真君以配祭之。
以三清、四禦、九真及三界萬靈組成的神真體係，即是靈寶派乃至整個道教崇拜的神靈，亦是其教派的曆代祖師。這種神、人合一的現象頗為奇特，反映了道教神學中包含著人本主義的理念。在道教看來，虛無玄妙、道的化身——元始天尊、太上道君、太上老君等三界神靈，他們皆時常以具體的形象或世間的聖賢顯現，以親近人們，教化人們，救度人們。而世人隻要崇信大道，堅誌修持，也有可能由凡人變化成聖人、真人、仙人、神人乃至天神。故眾多的三界神仙中，卻有許多著名高道，聖賢烈士，曆史人物，創教開宗的祖師們，既有如三清、四禦、九真一類的天神，也有如葛玄、陸修靜、寧全真一類的祖師，正是這種人神合一的神學體係，促進了靈寶派乃至整個道教的發展。