爆炸中心的王恭廠是當時儲存火藥的地方，更是慘不忍睹。照書上的說法，十幾裏範圍內“幾成齏粉”。不過以當時黑火藥的威力，估計還比不上現代的爆竹作坊，爆炸中心這樣不足為奇，稍遠一些地方那些奇怪的現象怎麽解釋呢？王恭廠大爆炸和印度摩亨達佐羅死丘事件、俄羅斯通古斯大爆炸一起並稱為三大自然之謎。但死丘事件雖然能檢測出超高的核當量，畢竟發生於3500年前，通古斯大爆炸發生地方人跡罕至，更是難以得出結論。王恭廠大爆炸則發生於明末京師之地，諸多匯集於此的文人墨客以各種形式報道並記載下了種種爆炸發生前後的異常現象，有些雖然荒誕不經，有些更是顧左右而言他，但仍為現代學者們研究留下了諸多的蛛絲馬跡。
雖然當時的記載以王恭廠大爆炸後的奇聞奇事為主，但是爆炸之前也還是有記錄的。在爆炸的前幾天，前門樓子上莫名其妙地多了好多螢火蟲一樣的亮點，在爆炸發生之前突然匯集為車輪狀，向西南而去。最奇的莫過於東城的火神廟，半夜裏突然響起了音樂聲，一番鼓鈸之類的響器，又一番絲竹之聲的細樂，循環往複地放了三遍，管廟的人嚇壞了，趕緊推門去看，門剛開一個大火球就搖搖晃晃地衝了出來，在眾人眼前騰空而上，直奔西南而去。沒有多久，就天搖地動，轟然炸響。或許是因為有火神示警的緣故，所以後來天啟皇帝雖然將主管火藥庫的工部尚書、在這次大爆炸中失去了兩條胳膊的倒黴蛋兒撤了職，但也不得不下“罪己詔”承認這是天災。
有地震學者力證這些火球、火輪都是靜電所形成的球狀閃電，都是地震來臨前大氣靜電場氣流湍動引起的。甚至當時出現的音樂聲也不是管廟的人為了推脫責任而憑空捏造，地聲、地光和靜電一樣都是地震前的異樣先兆，聲音肯定是有的，描述得那麽細致估計是當時文人的添油加醋。