雖然徐光啟等官員由於其本人就是思想較為開放者，因而沒有對朱由校在工部的一係列言行和舉動提出反對，甚至有的還頂禮膜拜。
但在朝堂中，卻並沒有因此而讓百官所理解。
朱由校在工部的行為最終還是讓這些官員們知道，而且，所引起的震動不亞於他處置東林黨和晉商時的情景。
而其中，最不令士大夫所接受的就是，他將文官們才有的專屬清貴官職竟然就這樣輕易的授予給了工匠和一個西洋人。
非進士不入翰林，非翰林不入內閣，在文人士子眼裏，翰林乃極尊貴的職位。
但朱由校把翰林院檢討授予給湯若望，並讓幾個發明燧發槍的工匠成了翰林文官專用的承直郎和承務郎。
在文官們看來，這無疑是在踐踏文官的官職體係，破壞儒家對學術的壟斷權威。
某禦史甚至率先發動了對徐光啟的彈劾，他們自然不敢對朱由校提出直接批評，於是徐光啟就成了替罪羊。
不過，朱由校並沒有管這些禦史對徐光啟的彈劾，所有的折子依舊是留中不發。
好在朱由校考慮到傳統地主士紳階層過於龐大，而且自己現在已與商人階層為敵，不能立即與這些地主士紳翻臉，因而他也不敢大。躍。進式的就推翻絕對的儒家體係。
因而，他也沒有懲罰那禦史，相反，還升他為太常寺卿。
除此之外，因東林一案，朝中大多數官職已經空出缺額，並為了籠絡士子之心，朱由校也讓新任的禮部右侍郎錢謙益著手準備來年的大比之年，並明告天下，因多災多難之際，故亟需有誌之士報效國家，故此次會試開科比往年多取一倍，並令各省鄉試日後也應加寬名額限製，不能低於戶籍總數的五萬分之一。
朱由校此舉頓時在士林階層引起軒然大波，特別是止步於舉人秀才的中下層士子更是對朱由校的舉動感恩戴德。