陳奇瑜在鳳陽巡撫兼漕運總督的任上已近兩年，期間除卻正常職司以外，還多了項督管流賊戰俘疏浚運河淤塞河段的任務。
經過近兩年高強度的勞作，當初的五萬戰俘因病或者意外先後已經有五千餘人死亡，死掉的這些人都被草草掩埋，連個墓碑也沒有。
戰俘們共清淤三百餘裏河段，大部分集中在運河淮安段，使得原本淤塞嚴重的這段河道變得通暢無比，幾百料的大船也能暢行無阻，不再用人工拉纖。
從河中清出的淤泥作為肥料，全都被運到運河兩岸的田地中肥田。
這些田地是朝廷從河南遷移過來的災民們新開墾出來的。來自南陽府和汝陽府諸多州縣的上百萬災民，在當地官吏的組織管理下，用了近兩年的時間，便在運河兩岸的荒地中開出了十多萬頃連片的新田。
朱由檢曾下旨，遷移過來的災民按人頭每人給與十畝口分田，這些田地是免租賦的；除卻口分田之外，每家另外新墾田地皆按十二繳納租賦，此舉使得災民們的開荒的熱情高漲。
為了讓災民們渡過荒年，陳奇瑜奉旨每隔三十裏修建一處大型糧倉，截留百萬石漕糧儲存起來，然後將每人每日所需糧米、食鹽、幹菜發放到災民手中，以保證他們有足夠的體力能支撐每天的勞作。
幸運的是北地連年的大旱尚未波及到江南一帶，浙江、湖廣、南直隸的糧食產量未收到大的影響，漕糧征收還算順利，這些大型糧倉並未空置，災民們的口糧供應有了保證。
陳奇瑜現在大部分精力都用在了安置新遷災民、協調他們與當地官府百姓產生的矛盾上麵，更多的擔負起了鳳陽巡撫的民事職責。他將河道清淤和漕運職事，分別交給了衙門中的工部主事和戶部兼兌官來操辦；自己則帶著兩名本家兄弟以及一眾親隨，往來巡視災民屯墾的有關事宜，以便安定災民之心，防止因百姓之間的衝突而引發的民亂事件。