萬曆元年大明朝沒什麽大事情發生，張居正穩步的推進他的人事革新，馮保死後的皇宮大內也很平和。李太後開始信佛，太監們也各自忙碌著，他們想爭鬥暫時也鬥不起來。
俞大猷在八月的時候進了京，打著就是看病的旗號。
朱翊鈞找機會見了俞大猷，然後就把俞大猷交給了陳矩，陳矩掌管著兵仗局，俞大猷去那裏正合適。作為一個經驗豐富的戰將，俞大猷對軍械自然非常的了解。
有俞大猷幫著陳矩，那邊也不會出什麽問題，朱翊鈞也放心。
萬曆二年，東南沿海大海賊林鳳進犯內陸，被兵部尚書兼右副都禦史兩廣總督殷正茂擊破。
兩廣局麵穩定，但是林鳳卻沒有停下腳步，他從台灣開赴菲律賓，聯合當地華人和土著共同驅逐西班牙殖民者。船隊急航兩天，到達呂宋邊界，立即攻占密雁，西班牙守將撒示洛駕舟逃走，船隊乘勝前進，直逼馬尼拉。
兵貴神速，林鳳即命先鋒率七百精兵乘夜襲擊馬尼拉。不料入夜天氣驟變，風雨交加，巨浪如山，船隻一半沉沒，損失二百餘人，同時因天黑難航，錯登地點，輾轉至馬尼拉時，天已大亮，西班牙人已有準備。
先鋒部隊不顧疲勞，奮勇進攻，攻入西班牙人的指揮部，殺死總指揮高第，許多西班牙人束手就擒。
萬曆二年十月，建州女真首領王杲大舉入侵。遼東巡撫張學顏、總兵官李成梁命將分布要塞，從四麵出兵圍攻。王杲兵敗，部眾皆逃奔入王杲所居營寨。
寨在高地，形勢險要，易守難攻，王杲深溝堅壘以自固。
李成梁用火器攻之，破數柵，把總於誌文等將領兵冒死登高猛攻，王杲不能支，逃至高台，射殺於誌文。此時適遇起大風，明軍遂縱火焚燒王杲軍營，先後斬殺一千一百餘人，毀其營壘。