自海軍改製，仿效後世天朝和各國的方案，朱瞻基將目前的海軍分為了三大軍區。
劃分大軍區是為了有效利用現有資源，在區域內實現有效的管理和供給。
北方軍區被分成了兩處，一處是遼東半島，一處是北方與庫頁島相連的黑龍江出海口。
雖然兩地之間被朝鮮阻隔，但是大陸並沒有隔斷，為了大力發展北方，所以要把遼東建設成為北方的供應基地。
東海軍區則是從山東南部一直到福建一帶，這裏目前是大明最富裕，物產最豐富的區域。
為了肅清海防，東海軍區派出了大量的船隻，對東海海島進行了清理。將原本從張士誠時期就以各海島為據點的海盜窩清掃一空，那些海盜或者剿滅，或者遷移到瀛洲島，也就是後世的台灣。
而南海軍區的範圍就要大的多了，從廣東到海南島，到交趾，一直到蘇門答臘島的舊港宣慰司，全部都歸南海軍區管理。
但是為了統一海軍的編製和傳令係統，海軍的作戰方式，艦隊編組等等，還是實行垂直管理軍製。
軍區負責訓練，後勤，補給，但是艦隊的作戰，統一歸屬司令部。
比如如今的三大軍區各有一支專門的戰鬥部隊，分別是第二艦隊到第四艦隊，這三隻艦隊沒有主官，隻有兩位副都督負責平時的訓練以及後勤協調。
作戰之時會由司令部與兵部共同任命領軍的總兵官，領導作戰。
而第一艦隊是原本的新江口水師改編而來，駐紮京城。雖然第一艦隊沒有海域，平日訓練還需要出了長江口才能訓練，但卻是四支作戰艦隊中規模最大的一支。
第一艦隊直屬司令部，除了訓練作戰，朝廷的外交使團，禮儀船隊，包括長江和黃河水域的剿匪，運輸，都歸第一艦隊管轄。
像鄭和率領的西洋艦隊，候顯率領的第二艦隊，還有現在王景弘任首領的第三艦隊，都歸第一艦隊管轄。