羅大綱吩咐留下三個團兵力的水師負責善後，繼續尋找打撈落海的討虜軍將士和清軍俘虜，歸攏戰船慢慢拖至南澳島靠岸修理。
而他則和梁培友，各自率領近百艘大中型紅單船，在虎門號等五艘西洋軍艦的帶領下，朝南澳島方向，追擊南澳總兵韓嘉謨。
廣東水師提督吳元猷和前提督洪名香雙雙戰死，剩下清軍將領不是被擊斃，便是被俘虜。也隻有南澳總兵韓嘉謨，能指揮剩下的清軍水師了。
等眾人趕到離南澳島五裏處，卻見南澳島上的最西端的深澳草寮尾主炮台和最東端的雲澳炮台，兩處煙塵滾滾。正疑惑間，兩艘快哨船來報，南澳島東北方3裏許，發現了逃走的南澳總兵韓嘉謨船隊。
見清軍主力逃走，羅大綱便知道清軍已徹底放棄南澳島水師大營。於是，他留下四十餘艘紅單船的兵力負責清理炮台，他則和梁培友，各領八十艘紅單戰船，朝清軍逃跑的水師全力追擊。
而剩下的水師，派出兩艘戰船靠近兩座炮台，出了滾滾濃煙，其他一絲一毫動靜都沒有。看來清軍卻是放棄了炮台。討虜軍不放心，又派出十餘人登陸，爬至炮台上一看，清軍早已全部撤走，將來不及運走的糧食和都甲衣等全部點燃。
接到信報後，討虜軍連忙全部登陸，紛紛澆水撲滅點燃的糧食，總算是搶救了幾百石稻穀下來。
而這時的甲一師、甲三師，在林鳳祥和陳玉成的率領下，輕鬆攻占惠來、普寧、揭陽等縣城，已經將潮州府城團團包圍。
在將近二萬討虜軍的強大壓力下，潮州府城的富戶，竟然和城內的天地會眾聯合起來，向城外的討虜軍傳出消息，說是要充當內應獻城。正當林鳳祥和陳玉成還在懷疑真假，疑慮之時，潮州府的知府竟然自盡身亡，潮州府城門被打開，城內數百天地會眾和上百富戶一道邀請討虜軍進城。