當浙江清軍集中了幾乎全部的機動兵力圍攻舟山之時，福建的鄭成功率部殺入位於廈門以西的漳州府。
永曆五年五月二十五，鄭成功率軍進入了漳州府海澄縣的磁灶，第二日，清軍漳州總兵王邦俊率一千騎兵、兩千步兵抵達磁灶附近，與明軍對峙。鄭成功料定清軍必然驕縱輕敵，是故決定在磁灶伏擊清軍。
清軍不疑有詐，全師攻入磁灶社內，為鄭成功團團包圍。雖然清軍憑借著騎兵的優勢奮力突圍，但是鄭成功也拿出了他早已準備好的殺手鐧——藤甲兵。
鄭成功軍中的藤甲兵以三人為一組，一人執藤牌掩護，一人砍馬，一人砍人。在明軍猛烈的攻擊之下，清軍潰不成軍，王邦俊率領敗軍落荒而逃，明軍取得了磁灶之戰的勝利。
永曆五年，鄭成功在取得磁灶大捷之後，於七月剿滅了投靠清軍的海盜陳春，並於九月揮師漳州。麵對鄭成功大兵壓境，福建清軍派副將陳尚智率軍馳援漳州，會合王邦俊所部與明軍在錢山一帶對峙。
九月二十五，清軍率先發動進攻，明軍以戎旗鎮王秀奇、援剿左鎮林勝並蘇茂等一舉殲滅了清軍前鋒，隨後親丁鎮、前衝鎮、援剿右鎮各部殺出。清軍橫屍遍野，王邦俊、陳尚智狼狽逃竄，逃回漳州城，是為錢山大捷。
永曆五年十一月，隨著鄭成功在漳州連戰連捷，福建清軍被迫派遣福建提督楊名高率數千騎兵與步兵南下，增援漳州清軍。由於清軍南援漳州，必定要經過泉州，於是鄭成功準備在泉州地界阻截清軍。
鄭成功率領所部渡過海峽，在小盈嶺一帶安營駐紮。楊名高令清軍兵分三路，向小盈嶺發起進攻，同時派一支清軍由鴻漸山迂回到鄭軍後側，企圖合圍明軍。
鄭成功親自指揮明軍奮勇殺敵，清軍力戰不敵，潰不成軍，楊名高更是縱馬而逃。負責包抄的那路清軍，一開始進展順利，明軍中衝鎮、遊兵營皆不能敵，賴奇兵鎮奮力廝殺，勉強穩住陣線。後甘輝率領親丁鎮趕到，與各鎮奮力廝殺，清軍全線潰敗。明軍合兵一處，追擊至馬厝巷而回，史稱小盈嶺大捷。