衛所製，源於西魏、北周、隋、唐時代的府兵製，乃是一種寓兵於農，守屯結合的建軍製度。顧名思義，衛所有守備和屯田兩項職能，其中的軍戶有事調發從征，無事則還歸衛所屯田。是故，明太祖朱元璋曾言：“吾養兵百萬，不費百姓一粒米。”
明朝的衛所隸屬於五軍都督府，其下由都指揮使司、衛指揮使司、千戶所、百戶所等軍事行政單位組成。這些軍事行政單位並不僅僅是軍營，而是由五軍都督府負責管理的如府縣式的行政單位。比如天津三衛，在明朝轄地九千兩百餘頃，與州縣無異；再如後世的廈門，在此時此刻則被稱之為永寧衛中左守禦千戶所，是為鄭成功的大本營。
而浙江的衛所自建立之初，最主要任務便是備倭。是故，浙江的衛所設置於沿海府縣居多，位於嘉興、杭州、紹興、寧波、台州、溫州等沿海六府的衛所多達十衛三十所，占據浙江衛所總數的六成以上。相對的，內地的衛所則偏少，其中金華府境內更是隻有直轄於浙江都指揮使司的金華守禦千戶所。
金華守禦千戶所設立於洪武三年，編製有正千戶一、副千戶二、百戶十，其聽訟設鎮撫一，以上皆世襲軍職，其衛所衙門就在府城酒坊巷的巡按禦史行台左近。
太平天國時期，忠王李秀成的堂弟侍王李世賢攻下金華後，將已經改為試士院的巡按禦史行台與金華守禦千戶所原址統一修建為侍王府，乃是後世中國留存的太平天國建築中保存最完整、規模最宏大、壁畫等藝術品最多的一處。
而軍鎮這個單位則屬於鎮戍製，在明朝則始於永樂年間起逐步建立的用以防備蒙古人的九邊十三鎮。隨後，尤其是在募兵製盛行後，開始逐漸在全國範圍蔓延開來。
在明初的衛所軍製下，衛所武官平日在衛管軍，遇征行，“則率其屬，聽所命主帥調度”。戰事結束，兵還衛，將歸朝，將領與兵士之間沒有密切的聯係。永樂以後，常備兵製———鎮戍製產生，總兵等將領長期鎮戍邊鎮，統率營兵，將領與兵士之間的聯係特別是在家丁製興起後也逐漸的緊密起來。