6月9日，黃興緊急從廣州趕至汕頭，同孫道仁密議。
黃興雖然在補給問題上選擇了退讓，但是不代表他在福建歸屬問題上讓步。
黃興此行目的為組建福建軍政府，推選孫道仁為都督。都督府在汕頭成立，10日舉行都督就職典禮。黃興代表同盟會授予孫道仁都督印信，文為“中華軍政府閩都督之印”。孫道仁接印，宣誓就職。
同時，黃興令孫道仁將全鎮新軍彈藥集中至騎兵第十標，立即回師福州奪取福建總督府，完成對福建的控製。
孫道仁接受黃興的建議，畢竟他現在已經是名義上的福建都督了，師出有名。
第十鎮步兵三十七至四十標新軍的彈藥和口糧全部收繳，發放給騎兵第十標。這樣騎兵第十標便有了4個基數的彈藥和口糧，可以迅速回師福州。
下午第十標火速從汕頭出發開赴福州。
但是黃興想出這招時已經晚了，當孫道仁率第十標騎兵抵達福州時，粵軍已經占領了福州。
早在龍嘯卿收降清廷海軍時，他已經做出利用薩鎮冰的海軍掩護粵軍海軍陸戰隊突襲福州的作戰部署了。
8日，龍嘯卿發出密令：教導總隊王遠雲為攻閩前敵總指揮，薩鎮冰、陳博謙為艦隊和陸戰隊指揮，於當晚返回福州馬尾軍港。
此時，駐紮在馬尾軍港的福建水師還不知道薩鎮冰等已經易幟投靠廣東軍政府。薩鎮冰謊稱已經全殲廣東海軍，請福建水師和馬尾基地炮台將領們喝酒慶功，將他們盡數誆騙至軍艦上扣押。
薩鎮冰等閩係海軍將領們開始分別勸降他們，經過一個多小時的勸說誘降，大部分福建水師將領和炮台守衛接受了投降條件。小部分人反對但是已經左右不了大局了。
投降的福建水師將領們命令各自軍艦上的部下們易幟反正加入革命，而投降的炮台守將們則掩護粵軍海軍陸戰隊進入馬尾軍港各個炮台，輕易奪取了炮台控製權。