清末至宣統元年時，中國海軍雖然不濟，但名義上還有大清帝國第一艦隊和第二艦隊。第一艦隊即海防艦隊，第二艦隊即內河艦隊也稱長江艦隊。但實際上各省督撫陽奉陰違，加上海軍內部閩係、粵係、魯係、鄂係等派別之間的地緣政治傾軋，導致全國依然有五支艦隊。分別是北洋水師、南洋水師、福建水師、廣東水師和長江艦隊。
其中北洋水師依然是海軍主力，配備當時最先進的英國造頭等巡洋艦海圻號，德國造巡洋艦海容號、海籌號、海琛號三艦，以及飛雲號、飛鷹號、通濟號三艘驅逐艦，辰字、宿字、列字三隊魚雷艇。其中海圻號巡洋艦的姊妹艦，大清國最先進的巡洋艦海天號於1904年觸礁沉入長江。
福建水師因防禦台灣的日本澎湖艦隊而存在，有元凱號、超武號、靖海號、泰安號四艘老式輕巡洋艦，鎮海號、登瀛洲號、楚材號三艘老式炮艦，張字、軍字兩隊魚雷艇。
廣東水師扼守南洋，防禦任務很重。有蓬洲號、鏡清號、芝觀號、聯鯨號、南琛號、保民號、建安號、琛航號、伏波號七艘老式輕巡洋艦，廣幹號、廣金號、廣庚號、廣戊號四艘炮艦，寶壁號驅逐艦一艘，運兵船新裕號、廣宇號。
長江艦隊有江元號、江亨號、楚泰號、楚謙號、楚同號、楚有號、楚觀號、安放號等炮艦，興字、鵬字、燕字三隊魚雷艇。
南洋水有測海號、靖清號、策電號、鈞和號四艘老式輕巡洋艦，飛虎號、金甌號、並徽號三艘炮艦。
朝廷已經將南洋水師劃入長江艦隊，但是長江艦隊隻為兩湖總督張之洞辦事，兩江總督瑞方於是借稽查鴉片走私為由，將南洋水師各艦截留在南京，依然保留了南洋水師番號。後任的張人駿更是跟張之洞分家，將長江艦隊分成兩部分，南洋水師歸兩江，之前的長江艦隊歸兩湖。