福建的戰事還在繼續，藍理、年羹堯堅清壁野的戰術給明軍向南推進帶來了不少麻煩，而藍延珍的艦隊主動出擊更是讓王東在大意之下吃了個悶虧，尤其是後者，在海上神出鬼沒，甚至還威脅到了明軍向前線的運輸船隊。
朱怡成的指示下達時，鄔思道就加重了對運輸船隊的保護，同時也對於前線的物資調撥更為重視，為了保證物資供應，他征得朱怡成同意後把部分物資的運輸直接交由浙商進行，以補充民壯的不足，同時也因為有浙商的加入，使得部分閩商見利也加入了進來，兩省商人的配合下使前線物資緊張得到了一定緩解。
不過最重要的還是藍延珍的聯合艦隊，這支艦隊存在嚴重威脅到了明軍南下的整體計劃，要想破局，必須解決這個問題，但究竟如何解決，這卻不是那麽容易。
當初朱怡成打杭州，占南京的時候澎湖水師就用過這一招，藍延珍麵對這種情況並無什麽辦法，隻能和澎湖水師在福建沿海兜圈子，從而失去了掩護藍理進攻溫州的機會。而現在，藍延珍把對手的戰術重演，如果明軍以同樣方式應付的話雖然可以起到一定效果，可對於水陸兩軍合擊福建的整體戰略卻無法執行了。
經過仔細盤算，再由莊岩的總參謀部進行推演，明軍最後決定采取你打你的，我打我的新戰術。南下的水師主力和澎湖水師重新進行組織，在保證澎湖和運輸艦隊的安全之外，其水師主力對福州以南的清軍各港口城市進行襲擊戰。
這樣做，非但能打破被藍延珍牽著鼻子走的困局，同時也能迫使藍延珍放棄海上遊擊戰，從而找到同清軍水師進行決戰的機會。福建沿海上千裏，大小城市有十幾個，如果再加上廣東的藍延珍南澳老巢和其他城市，那可攻擊的目標就更多了。
為此，明軍選擇了以泉州、廈門、東山、南澳一線為攻擊目標，水師主力並不戀戰，采取以多打少，以快打慢的戰術，對攻擊目標也以破壞為主，一時間福建沿海各城損失嚴重，就連清軍在廈門的金門島都曾被圍攻整整一日，躲在廈門港口的福建水師小部根本就不敢出戰，明軍炮擊金門幾個時辰後這才主動撤離，而金門工事損失不小，真正死傷者雖然隻有百多人，但給予清軍在士氣上的打擊是極其巨大的。